lncRNA Structure Prediction

I. Result for minimum free energy prediction

The optimal secondary structure in dot-bracket notation with a minimum free energy of (-786.40) is given below.

1. Sequence-
AAAAGAUUUAGCUGCUAUAUAUAGGUAUAGUUUAGCAUUAAAAUCGUUUGUCAUUAUAAU
AAAAUUGUCCAAUGGAAAUGCUUUACCAAACCGUUGCAAUAGGUGCAACACUUUUAUGGA
ACAUAUUUUUUAUCGCAACGGUUUUUAGUUCCAUCAAUGAGAGGAUAUUGUGGUGUCUUC
UUCUUUGUUGAAAUAUGAGAGCUCUUCCAUUCCAUCUUUCUGUUAGUUCAACUGCUAAGU
UUCGUAGUUUCAAGUACAUUCCUAUGUUUGAAUUUUUCUAGGAUUAAUGUUUUUUAAGGC
UUUAGGCUACUUGAUUAUGGAAAGAGAGUUUUAUCAAAGUAUAUAAGUUGUGAAAUGGAA
AGGAGUAAGGAUCCCUAAGGUUGUUCCGAAUGGUGUUCAGUUUGUGAAUCUGAUGCGUAA
UCAUGUCUAGAUCUAUCAUUUUGUAUCUGCAAUGGGAUCCUCGGUUUGAUAUGUUUCUAC
GACUUGAGUUUGUCAAAGUAAGCCUGCAUCAAAAGACUUCGAUGGUUGAUAGUACCAUGA
AGAGACUUCGGUAAGACUGUAAAGCUUGGUUGAAUUGGUCACCUGUUCUGCUUAUUGUGC
CUAUGCUUGAAAGACUUGUCCGUUGUUAGUAUAAUAUUUAUGAAUUGGCAUAGUCCUGAU
AUAGGCUAAUAUCAUUCAUGUAUUUUCUUUAAGUUGUUGAGUUUUGUUACGAAAAAGAAG
UAUUAAAGACUGAGUUGGGACGACUUUUCAACUGUUUUGAGUUAUGAAAAAAAUUAGACA
AAAGCAUUCUCUUUCUGAAUAAUUGAUUUUACUACCCAUCUAUAGAGAUUUUUUGUGUGA
UAUUGUUUGUUUUGAUUUUAUUUGAAAGCUAAGUAUACAAUAAAACAGCAUUCUCAAAAC
AGAUGCAAACGCAGCCUGAUUGUGUGAAGUCUGCUUGCCUAUUUGUCGAGUUUUAUGGUC
UGUCUAAAGGUUAAACCAAAUAAUAUUAAUUAAUAUAUGGUGUCUUGUUUAUUCGAUCUC
UUUUGUUGUUAAGGUCCACAAGUCAAAGGUUUAGUAAGGGUAUGUUCAGAGAAAUUUAUC
UUAUGCAAUCUAUGAGCAUGAAAGGUUUGUUUGGUGCUACGCAUGAAGUCAAGUUUGUGA
CCACAAGGGCUAGAUUAACAUGAACCUUUCCAUGCCUUAAUACUCAUCACUUGAAGCAAG
UUUGAAGCUUGAUUAAGUAAAUAGGCUCACAAAACAUCCAGUCCUGUCAGCCUGCGCAUA
UUGAGUAACUUGACGGACAACUUGUGAAUAAAUAUUAAAGUCCUAUUAUUCCUUAUUUGA
UAUUGUAUUGAGUUUCAAGUGAAUCAAAUUUGGCUUGAUUGGUUGGUUAAGUGAUGUAAA
GUUGGCUUAGAUAAUUUAAAAUGGAUUAAAGACUUUGACUUUCUGUCCAGUUAACUUCUC
UAUCUGUUUAUUCCAGAAGUGCUGAAAUAAGGGUAAUUCAAAAAUUUUCCAACUUGCUUG
UAGUAUGUCUGGUAUCUUUUAUGAAAAUAUAUAGUGAUUAAUUUUCCGGAAGUAACUUGG
AGAGCAGGCUAAAAUGUUUGUGAUUUCAUUUCUAAUUUCCUUGAAGUAAUGAGUAAUCAA
GAUAGUGCGUGUUAGUUUUGUUCUUGAUUUGAUAUGACCUAGAAGAAACCUGCAUAUCUC
CUGUUUCCUUAGUAAUCUCAGUUUGUCUCUCUUAACUUUAUUGUAUUUAUUUGUAUUUUA
UUUAUAGCAAGAUAAGGCAAGGAACGGGGAAAGAUCUUGAAUACCAUACCUCCAUUCCUA
AAACCUAUUGCUAUAUUUGCUUAUGAUGGGUAACCACCAGAAAUUGGGCCUAUGACAACA
AUACUUUUACUAUUUGGGCCUAUGGCAACGGUUCAUUCUUUUCCCAAUGUGGAUUGUGUC
CAACUGUUUUAGUGAUUCAUGCCUCAGUAUUGUAUUGUAUAUUAGUUUGGAAAAUGCUAA
AGAAGACUUUUUAUAUGGAUGGAUCAUGAGACAAAGAUGUUUCUCAGCCUACUUCAUUAU
GUAGCUUGAAAGUUCACCUAUCUAUGCAAUUUUAUCCAUCAUUUCUCAUUGUUAUUUGCU
GACUCUGGCCAUUUUUUCUUAUUUUUCUAUCUACUCCUUCACUUUGUAACUUAGAUGUGU
GGUCUCACAUAUCAACAAUACCAAUUUGUUGUUAGCUCUGUUGCCUUCGAAACGCACUGU
AGCUACAGGUUAGGUCUCUGUGUCUCUGUUGGGAAGUUAUCUUAUCCUAUUCUAGUGGUG
AUAAGAGACUUCUAGAUGAAGUGGUGAUUCUAUAACCACCCCCUUCACCCCAUCUCUACU
GAUUGCUAAUGAUCACUUCGGAUAAAAAAGUAUAGAGAUUAUGGUUCAAAUUCAAUAUUA
GACCAGAGACCAAGUAUGUCAGAUGAUAUCUUUCCAUUUCUAAGUUUUGGCGGCGGUGUU
ACCUCGAUUCAUAUUGACGGUAUAUAUUUUCUUUUAUAUGUGUCCAAUUGUAUUUGGAAG
UAUAUACCUUAUGAUCACUUCCUUAAGAUCUUGAAGGUGGUUUUUUUACAAAUACUCAUA
GUAGGUCUGUGUCGAAGAACAUUAAAUUAUGUGUUAUCCUGUAGGUAAACUUUUUUUGGU
UUAGAUUUCUUUAUAUUUUGACAUAUACAUGUGGAUUAAACGUAUGCCAUUUCGAAUUUC
UGCAUCUAUUGAUGAUUUCCAUCCUUCUAUUACUUUUUUCUUGUCAUGAUUUCUUGGUAA
AUAGGAUGAUCACUUAACAUGUUCUGUGACGAAAGAGGUCAACUUAUUUCAAAUAUAUAA
ACUCAUUUCAUAUUGUAUAUAUUUGGAGUCUACUAUGCAUAACUUUUUCUUGUGCAAUUA
ACAUAUCUAAUCACUGGAUCAGAACUUCUGCUAUUAACAAUACAAGGAGAAAUAAGAAAC
CUUUUUUGUAACCUUUUCAACAUAUAUAUAAUAUGUGUGAACUUGUGUUACAUAUGCACU
CAUAAGUGACAUUUCACUAAUGCUCUUCAGUGAAUAACCAGAAUAAGUCAGUUUCUAGGU
AUGUCCACUAUGGUUUUCGAGGAAUCCUUCACUGUAGGAGCGUUGUAUCCUGUUUGAGGC
AUUAAUCCUUUCUAAUCACUUGAGGUUCUUAUUUUAAAUUGGUUGUCACCUAAGAAUGUU
UUGUGAAAUGUCUCUGUGCGUUUUGUGAAAAGUAUAACCUUUUCAAUCUAACCUUUUCAC
AACAGUCUAGUGUUAAAAGUCUCUGUAUGUUAAGCUAACCUUUUCUAUAUUUAGUUUUCU
AAAGUUAAGCAAAGGAUCUGAUAGUUAUGGAUAGAGAACGUCCUAUAAGAGUUGCAUCUG
GAUCACUUGCAUCUCUGGAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

2. MFE structure-
.......((((((...(((((((((.....(((((((((((((.(((((.((((((((((...)))))..)))))))))).)))....(((((((((.((((((.(((........((((((.((......((((...))))...))))))))(((((((((((((((....))))))))))....)))))......(((
((((((...((((((..............((((((........))))))(((((((.........(((((((.((((..(((((....)))))..)))).))))))))))))))..)))))).)))))))))...(((((((..(((((((((((((....(((...((((((((....(((((.((....)).(((((.
....)))))..((((((.(((.(((........))).))).)))))).)))))))))))))...)))....)))))).)))))))(((.(((....(((((((..((((((.....((((.(((((.......))))))))).(((((.((..(((((((((((((((((.((((.((...)).)))).)).......((
....))(((((((..((((((....(((((.((((((.(((((((.....(((.((((...))))))).....)))))))....((((((...((((...........)))).))))))))))))...)))))....)))))).)))))))((((((((((..(((......((((.(((((((...(((((....((..
..................))...))))).))))))).)))).....((((((((....((((((.....)))))).....))))))))))).))))))))))..(((((.(((((..((((......)))).)).)))...))))))))))))))))))))..))..)))))..........(((((....))))).)))
)))...)))))))))).)))...(((((((((((((((....(((.(((((..((((((.....(((...))).....))))))..))))).)))((((((((((((((((((((.(((.((.((..((((......))))..))...)))))))))).)))))))))).))))).........(((.(((..(((((((
((.((((((((((...((...((((((.(((..((.....))..))).)))))).))..))))))).(((((((.(((((((((......(((((((((................)))))))))....))))))((((((.((......)).))))))...))).)))))))......(((((((((.............
..((((.((((.......))))..)))))))))))))...(((((..(((((.(((.....))).))))))))))...........))).)))))))))..))))))((((((((((.((((((....((((((((((...((((..((((......(((((.((((((......)))))).((((((............
.)))))).(((.(((.(((((((.(((((.(((..(((((.((............))..)))))..))).))))).((.((((((.((((.((........(((((((..((......((..((((......))))..)).....))..)))))))))))))))))))))...))))))).))))))..))))))))).)
)))...))))))))))....)))))).))))....))))))...))))))).)))))))))))))))......))).)))))).)))))))))((((........))))(((((...)))))(((((...((.((((.(((((((((....(((((((((((..(((.(((((.(((.(((((((..(((((((...(((
((((...((((((....))))))((((.((((........)))).))))(((((((........)).))))).)))))))..((((((((((((...((.((.((((((((.................(((((((.......(((((((....((((((((....)))))))).((((((......))))))((((.(((
(((((...(((((((.((((....))))))..((((((((.((((.((((((((((((.(((((((((((....)))).))))))))))))))....((((.((((..........))))..))))(((..(((((((.....((((....(((......))).....)))))))))))...))).......)))))..)
)))))))))))(((.(((((....))))))))...........))))))))))))).))))..(((((....))))).(((((((((((((...((((..........))))...)))))))))))))....((((((((..((((....))))))))))))...))))))).......)))))))...(((((.(((((
((.....(((((((((...((((((((((((......))))))......))))))...)))))))))...((((..((....))..))))............((((....)))).....((((((....(((((....((.......))......)))))..))))))..........))))))).)))))...(((...
..)))((((((((((((((....((........))))))))))))))))......(((((((.......)))))))..................))).)))))...)).))...))))))).....))))))))))))..))))))))))...))))))))..)))))))))))..(((((...(((((((.((((....
)))).))))))))))))(((((((((((((((((..(((((((.........)))).)))...(((..............)))....))))))).))))))))))........))))))))).))))))......((((..((.(((((((.........(((....)))))))))).))..))))(((((......)))
)).(((((((((....................)))))))))))))).))))))))))....)))))))))..)))))).((((((((..(((((....))))).....((((..((((((((..((((((((.......)))).))))..)))......)))))..)))).....)))))))).................
..........

You can download the minimum free energy (MFE) structure in Vienna Format

II. Results for thermodynamic ensemble prediction

1. The free energy of the thermodynamic ensemble is [-847.95] kcal/mol.

2. The frequency of mfe structure in ensemble 4.22054e-44.

3. The ensemble diversity 962.12.

4. You may look at the dot plot containing the base pair probabilities [below]

Download Dot plot JPG EPS

III. Graphical output

1. A note on base-pairing probabilities:--

The structure below is colored by base-pairing probabilities. For unpaired regions the color denotes the probability of being unpaired. The reliability information of RNA secondary structure plot in the form of color annotation, Positional entropy ranging from red (low entropy, well-defined) via green to blue and violet (high entropy, ill-defined).

Download RNA structure JPG EPS

2. Here you find a mountain plot representation of the MFE structure, the thermodynamic ensemble of RNA structures, and the centroid structure. Additionally we present the positional entropy for each position. The resulting plot shows three curves, two mountain plots derived from the MFE structure (red) and the pairing probabilities (black) and a positional entropy curve (green). Well-defined regions are identified by low entropy.

Download mountain plot JPG EPS