lncRNA Structure Prediction

I. Result for minimum free energy prediction

The optimal secondary structure in dot-bracket notation with a minimum free energy of (-1271.30) is given below.

1. Sequence-
CUCUCACGCCCAGACCAUUUACUCCACUCACCUGUACCACUCUCUCUCUAACCCAUUCUC
UCUCCCCUCUCCUUCUCUGGAACCAGAAGAAAACCCUCACUGCCCUCUCACAAUUUUCAU
AGAAUCUCACCCAAACGACUUUGAAUCUCCAAGUUUUCUUCAUCCAAUGAUGAUUCAAGC
CUCAAUAUUUUGUUAAUCGCUCAUUAUCUCAUUGUUUUUUGCCAUUAUAGCAUGAAUGUU
GAGCUGUCAAUCAUUAGAAGAUAUUUAAAGCUUCUCAAACGGUAAUCUCUGGCUCUCUCC
GUAAAAUCCAGCUGAAUACGUGUUUUUGGUAUAAAUUCGUACCUAUUAGUUGGAUUUCUA
UUGGCUCUCUCAAGGAUCCAAUUUUUGAAUUUUGAAUUUCUAUAGCCUUAUCUCGUUUUU
GGUCCGUUUGAUCCUUGUUUUUGUAUGAGUGGCGUGUGAUUUAGACCCUUUUUCACUUUA
UCUUUGUUUUCCCCUCAUUUUCCCCCUUUAUGAACCCUAUCUCCCCCUUUCUAUUUAAGA
GAUAUCUUAGAGUGAGAAAAAGAGGAUGGAAGAGCGGGUCUAAAAUUAGGGUUUCAAAGU
UUCCUGGGUCGAUGAUUAGUAGGCAUAAGGUUUAGAAAUAGGAUUCUCUUUAAUAGUCUC
UAAGGAGAUUUCUUUUUUAGUAGCUUUUGUCACACGAAAAUUAGAAAAUAUAGGGUGAUU
AAGUUGGGGAUUAUAAGGAACCUGGUACUAAAAAUUAAGGCUAGGAGAAAUUCACUCAUU
UAGAGAGUAGAAAUCACCCCUCUCAGCUUCAAGAUCCCAAUUCGUUCUCUAAAAAAGCUG
AGUAACACUUGAAUCUUUUUGCUAUUUACUGUUUUCCCUAUGAAGAUGUUUGUGUGGGUA
CUAUUAUUGUGAGUUUCUUGCAUGAUAUUGUAAUUAAAAGGUGUUAAGAGUAUUAUGUGU
UGUACCUAUAUAAUUUGACCCCUGAUUACUAUCUCGAAACUUAUAAUCCUUGUUUGUUAU
UUCCCAGACCACUGUUGUAGAUUAGUUGGUAGAAUGUUGAGAUAUUUCCUAAUUUCCUCU
AUAGAUAAAGGAUGUAGCUGUGUGUGCCUAGGGCUCAAAAAUGGAUUAUAUUGUUGAAAU
UUACAUGAUGGUAUACCCAAUUUCAAGUUGUCUUGUUAUGAUUUUCUAUUCAGAAUUGAU
GUCAUUGUGUUUUAACAAGUAUGUCUUUAGUUUCUUCUUCUGAACACAAGGAGUAAUAGA
AGUAUGUUAGGGGUCUGAUGGUUUCCUUUCCCACCCCAUAAAUCGAGUUGCGAUGGCAUC
UUUAUCCCACUUGCAUACAAGUGUAGCCCUGUCCCAAAGAAAGUAGCGGUGGGAAGUACC
AAGAAUCCAAAAACAAAAGGGAAGGAGAUGAAGAAGAGAAAUAAAAGUAGGACACAAAAA
UAUACAACUAAAUAUAACUCCCCAGGACCUGACAUUAUGGUUGUAGAGCAUCUAUAUAGA
UAAAGUACAAAACAUAACCCAAGAUGGGGCAAACCACAAAAUAUCUAUCUAGGAUAACUC
UAGGACCGGAAGAAAAACUGGUCAGCAAGGAUGCCAACUGCUCAUCAAAAUCUCUCAGAA
CCACACCAGCUAUCUCGCACAAUCGCGUCUGCUUUGCUGGAUCGUACUAGAAUCUCCAUC
ACAAAAAUAUGCAGAAGUAUAGCAUGAGCACCAAAACAAUGGGUACCUAGUAGGCUUCAU
AGGUCGACCCAAAAAAAGCAAGCAUAAGCAAGGUAAAGAAUGGAAAUAACAAGUAGGAUA
AUGGCACAUAAUGUACAACAGAAAUAAGGUAUAGUAAGCUCAGUAAAAAAUCAGGUACAA
GUGGGUGUAGUACCAGCUAACAAGAAUAAAAGAGGGUUACUAUCUGGGUAUAACCCACAC
AACUUGGUCCACAAGCAACUCAUGACCAAAUAUGACAUGUACUUGGAGCUCCAAUAUGAC
CAGCACAAGAAAGGACCAAUAAGAGAGUACAAAACCAUCAAUAAGAUAAACUAAUAAAAG
AUACAGUAAGUGUAUGAAUAGUACUAAUUAGAGACAGAAGGAAAUGAACAAAGUCUACUA
GAAAAAAAACUAGACCAACACCCCAUUCUAUCGGCAGGUUCAUUCAGGAAGCCAAGUAAC
CAAUAUGUACUCCCCCAUUAAGCCCUGAAGAGUACAACCAAAUGCAAAAGGAUGCAAUGU
AUGGGGGCGUUGAUAAGUAAGUAGUUCCCGUACACACCCUCUUCGAUUUAAGACUCUAUA
UAGAACGGACCUAUGGAAGCUUCCCCAUUACUUACCCAACCUACCCCAGUAUAAUCCUUC
CCCGACUAUGCAACAUACCCUAGACAUGGAGACCGAGGUCGGAGGGUCCGUAGAUGGAUC
CAAUUGCAUGCACACAAAUCCUCGUAAAGGGCCAAAACUCAAGUUCAACCCAUAUAUCAU
AUCUUAGUGGAAAAUAAUGUCCAGCUAGGUAGGCAAAAUCCAGAUCUAACAUUCAACUGC
CAACAUGUAGGCAAUAUCUAGGAAUCACAAUGAUGGUGAGAAAAUAGCCUCAAGUGGUGU
GAGAAAAAAGCUCCAUAUUGCUCAUGGGUGUAGUCGUGGAAAAAUAAAAGUAUAUAUUAA
AUCAAUUUCUGGUUAUUACUCUAUCAAAAUCAAGUUACCUUUUAAAAAAUUUAAUGCAUA
CUCGCUAUAUAAAACCAAUCAAUAGUCUAAACUGGCCUAAGACUGCUAAUUGACAAGGUA
CAUCAUCUCCUAGCCCAACUACGGACCCAAGCCAUAGAAACCGCACAAAAGGUGCCAAAC
CUGCUAAGAGGGUGUCCGUUAAGGGACAAGUACACACCUAUAAUAGGAAUACAUGAAUUU
AUCAUAGCUUAGUCCAACAUAGCUUACUCCAGGCUCACAUCAGUCUAGGAAAUGACUUCA
UCACAGAGGGUUGCCAACUACCCAGCAAAGUUGUAUCGGACUAUUUAUGUCCCAAAGGGG
CCGCAACUGCUCUAAUCACAAACAACUCAGGUAGAACAUAAAAUAACCACCCUACCUAGA
UCUGCUAAAAAACUACCCGCCUAAAUAAGGGGAUAGAUGCUAAGCUCUAAUCACUAGUAU
AAUACCCUCCCUAAACUCACUGUAUUCCAGAGUCAGUGUAUAACGCACCAAAUGUGUUAC
UCCUCUCCUAACCAUACUACAUUUAAGAGUUGGCGUGGAACACGCGAGUAAGGCGAUAAA
AACAGUAGAUAAAAGCUGGUUCAAGGGCCUAAUCACUUGUUUAGGUAAAAGCCUGCUACA
AAUCACCUAGCUUAGGACCUGUGAAUUAUCUUUCUUCUAGCCUACUUUCUUAGAUGGUGU
UUAAUUGUAUUGGGUGUCCAAGCUUGAAUAUUUCUAGUUACAACUUGUUAGCAUAAGAUU
AUUUAGCAAAAGCCUUCCUUAACUAUAUUACUCUAUGUCUGAAGCUGAAACCUCUAUGUU
UGCUAAUGUCAUAAUUUUGUUGAGGUCCCUACUUUGAAAAUACGGUGAUAAGAUUUAUGU
UUUAAUGACUAGAAUUCUCUGUUGUGUGUUUAAAGUUAGAAUCGGUGGAGUCUAAUUGGA
AGCCAUGUCUUGUAUUCCUUUGUUUGGUUAGGUGUAUGAAAAUUAGAGGUUCAAGAAAGC
UUUUCAUUCAAUAAAAUCUGCUCGCUAGUCAAGCUCCUUAAUAAGAUUCCAAAUGGGUAU
UUAUAAGUGAGGUUAUGCUUGUGCUUGUUUGAUUCUUUGGAUGUGCCAAUUUGAACCCGU
UACACAAACUUAUUAUCUCUUAUACUUUUUUGUUAAGUCAUCUGGUGGGAUCUUGAUACC
AUGUGCACAUGAACACUUAGCAAUUGAGAUUUAGUCAAAAUAAAUAGAGUUAGCAUGAAC
GUAAUCGGUAAUUCUAACCCAUUAGGACAUGUUUGCAUUGUCCAUGUGGUAUUAUUAUUU
AAAAGAUAAAUUUUGACCUGAUUGACUCUGUCUGUAUUGAAGUCAUACUAGAUUUAAAGA
UACCUGGUUAACUGUAGUCUAACGGAUUAAUGUCAAGGGCAUUAAAAUGUUAAAUUGUCU
CAGCAAGUAACUUUUCAACUUAACCUGAUAUCUUAGGGCUCUGACUGUCUCUACCCUUGC
UUUGCUCGACAAAUUGAGCAUAUUUUGAUGUCAACACCAGUAUGUAACAACUUAUAUAUG
UGGUGACGUUUGUUAUUGUUCCAUGCUUAUUUAAUUGUGGAAUAUGUAGGUCUAGGUUGA
CUAUAUCAUGCAUAAUGCUUCAAUAUCCAGUUUUGGAUAAUUUGAGUUCUUUACUUUAUC
UACAGAAAAUAUGUGCUUUAUUACCCCAUUGACCAUAUAGAAAUAUCAUGUGUGUGCCUA
AAAAUUGUGUGUUACAGCAUGAUCAGGUCUUCAAAUAUCCACGUGUCUUUUACAGUUUAG
CAUAGUCUUGAAAGAUAUGAAUCAGUAGAAAGUUAAGAGUCUACUUGCAACUAUCGUCCA
UAAGGUACUAGAAUUUAAGUGCUUACAGGUCCUUUGAAACUUGUUUGUGAAUAUAGGAAA
UUUUCUCACAACCUAACAACCUUUCCAAACAUAAAAUUGGUUUCACUUAAGCAGUGGACU
CUUUUGUAUUGAUAUUCCUGUUUGUUUUUGCUUUAGUGUUAUUCUAAAGAAACUCCUUUU
GUAUGAGGUUAGUAGUAUUUCAUGGGUACUAGUAACAUAUGUCUAAAUAGUGUGAGAAGA
UUAACUAGUGUAUUCUUGAUUAGUGUAUCUGGACCUCUGUGAAAUUGUAGUGCAUUUCAA
UUUCAUUGAAGAAACUAUUGAGUUUGUUUUUUCUAUCGCAAAGGCAGAAUCUCUAGUGAC
UACAUUAAGUUUUAUUUAGAAUUGAUAGCCCGACCACUUUUAAAAAUGCUUCAGUGGAUU
UAAGUUGCUUAAGAACUUGUAGUUUUUGCUAAGUAAAGUCUGUCAAAAUUUAAUCCUAAU
UGGUAUGAUAGGUUCUUGUAAGCAUGAUUCCUAGUGAUCCACCCUUUGUUGAGCCUGAGA
AUUAUGUGUUUUACUGUAGUGUUUGAACAUUUGUUUGUUUGAUUUUUCUCUUAUUUAAAA
AAAUGCUAAUUUCCUCCUCUUUUCUUUGCAUGAACUCUCUCAUCUAAGUACAACUUGGAC
UAACUCUGUUGCAAUCGAGUCAAAAACCCAUGACAAGUCCUUUACGAAUUGAAGACAGGA
AAAUAGCCAAAACGAAAAAAUUGGCCGAAGUCCUACUCGAACAACAACAAAGCAGAACAA
GAUAAAUUAAUGGACCCGAGCCUAAUAAAGGAAGCGGGCAACAUUCUUCAUGAGCUGAAA
AACCCAUUUUACUUGUUUGCUUAUUCAUUUUCAUUGGUCGGUCCAUGAGGCCCACUUUCC
UUUUACCUCAUUAUUUCAUAAUUGGUAUGAUAGGUUCUUGUGAGCAUGAUUCUGAGUGAC
CCACCCUUUGUUGAGCCUGAGAAUUAUGUGUUACACUGUAGUGUUUGAACAUUUGUUUGU
UUGAUUUUUC

2. MFE structure-
..........(((((.........((..((((((.((((......(((((.((.(((((......(((((((......))).((((.((((((((((((((((((((..((((....((..((........((((....)))).......(((((((....(((...((((((((..(((.((((((((((((((((.((
....................)).))))..))).))))))))))))...))))))))...)))....))))))).((((((((.......(((......)))..((((((((((((.((((.((((.......)))).))))....))))))))))))..(((((.(((.....))).)))))....(((........)))
....(((.............)))))))))))))..))...))))..))).)))).))))(((((((((..................((((((((((.(((((...(((((.((....((((((...............)))))))).)))))...))))).))))..))))))..)))))))))....)))))).....)
)).))))...(((.(((((((((((((((((((.((((.((((.((((((((........)))))))).)))).))))..((((((((((...)))))..(((((...(((((((((((..(((((((((......((((((((((((.........((((((((((((((((((((.......)))).))).((((...
.((((((((..(((.............)))....)))))))).....((((((((..(((..(((((((((((((((((.......((((((.(((((((.....((((((((((((......((((..(((((((...((.(((((....((((((((.......))))))))))))))).)))))))))))..)))))
)))))))........(((((((((.((((..(((..((((.((((((((......((((.((((.(((.....(((((.(((((...............(((((((((((.((((.......(((((((((((.(((..(((((.(((((.((((((..(((((..(((((((((((((....((((((((....(((((
((..((((((((((.....(((.(((((..(((((((((((............(((((......)))))(((.(((..((((....(((((((((.........(((.(((....))).))).....((((((....))))))..((.((.((.....)).))..))))))))))).))))))).)))...........)
))))))))..))..))))).)))....))))))))))..)))).)))............((...))((((....(((((.((((...((((((..(((((((...............((((...)))).............)))))))(((((.....)))))((((((........)))))).....))))))....((
(((((.....(((...))).........((((((((((......)))(((((((((.((((((......))...))))...)))).....))))))).)))))))))))).........((((((((((..........)))))..)))))......)))).)))))...))))...)))))))))))))))).......
..............))))).)))))..)))))).))...))))))))...)))((((....((((((.((((...........((((..((((((((.......(((((...))))).....((((.....))))((..(((((......)))))..))(((((((...(((...((((((.((...((((.((......
.....(((((......(((.....))).............(((((.....))))).....)))))......((((.................)))).((((........)))).........)).))))....)).)).))))...)))..))))))).......(((((((...((........))..)))))))....
..((((......)))).(((((((((((...............))))))))))).))))))))..))))(((..((((((...........))))))..)))......))))))))))...)))).)))))))))))....((((((.((...(((.........))).....)).)))))).((((((((((.(((...
..(((((.((((................(((....(((....)))...)))...........(((((((((........)))).)))))..((((......................))))....)))).)))))..((((((........(((((((.....(((((((((.......))))........(((((((((
(........))))).)))))........(((((.((((((((........(((.(((...............))).))).........)))))))).))))).))))).....(((..((((((((((...........)))))....)))))...))).))))))))))))).))).)))))))))).)))).)))...
..((((.....))))....(((......))).(((((......))))).)))))))))))))..))))).....)))..)))).)))).....))))).))).))))..)))..........)))).)))))))))...........((((........))))((((.((((((...((((.......))))....((((
(.......)))))........)))))).((((((.................)))))).....)))).......))))))).))))))((((.....((((((............))))))....)))).........(((((..((...))..)))))..(((((((.....)))))))...((((..............
.....))))((.(((((...))))).))..))).))...)))))))))))).)))..)))))))).((((((........)))))).....(((((((.........))))..)))....))))......)))))))))))))(((.((...)).)))........))))))))).)))..(((.(((((..(((.((((
........))))...))).))))))))........)))))))))..))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))...........)))).....((((((((.((((((.((...(((((..(((.....)))..))))).))..)))))).)))))))).))))).))))))).......(((
(..((.....))..))))......))))))))))..))........((((((((.((((....(((((((....(((((((((((........(((((((...(((((((....))).)))).)))).)))(((.(((((((..((((((((......((((..((((((((.....((((...................
.........(((((((((..((..(((......((....))....)))..))..)))))))))..((((...(((((((.((((((((((((((((..((((((...((((((((....((((((((((((((((((....((.(((.((((((..(((.....(((((((((((((..((((((((((..((.((((((
(((((..(((((((((((((((...((((((((((......)))).((((((((...))))))))...((((..((((....)))).))))........))))))...))))))((((....((...))....)))).....(((((((....)))))))......(((((((.(((..((((((((....)))))))))
)).)))))))......((((((((............))))))))..)))))))))..)))))..(((((((.((((((..(((((((((....))))).....((((.....))))....((((.......))))................(((((((.((....))))))).))........)))).))))))..))))
)))..((...........)).(((((((((((.((...........)))))))))))))..))))))...))...)))))).....((((((...((((((.(((((((........)))))))..((((((......(((.(((...((((((((..((((((((((((..(((.........((((........))))
.....((((.((((.(((.(((((.....(((((((...((........))...)))))))....)))))...)))..)))).))))((((.((((((((...)))))))).))))...........)))))))))))))))..))...))))))..))).)))......))))))..(((((((((..........)))
))))))(((((..((((..((.(((((((((........))))))))).))..))))((((......))))...(((((((.((..........)).)))))))....)))))))))))...)))))).((((((((...))))))))........)))).)))))))))).)))..))))))))).)))))....))))
))))))..))))))))...((..(((....)))..)))))))))).....)))).)).)))))..))).)))))))))))))))..))))..............((((.((((((.......((.(((((............(((((((...)))))))..........)))))..))((((........))))..(((.
((((.....))))))))))))).))))...))))...))))))))....))))...))))))))..)).))))).)))...................(((((((..((((((((.((((.......((((((.(((((.....(((.......((..........)).......)))))))).)))))))))).)).)))
)))((((..(((((...))))).))))...)))))))..))))))).)))).)))))))......)))).))))))))..((((.((((...((((....))))....))))..))))))))).......

You can download the minimum free energy (MFE) structure in Vienna Format

II. Results for thermodynamic ensemble prediction

1. The free energy of the thermodynamic ensemble is [-1374.31] kcal/mol.

2. The frequency of mfe structure in ensemble 2.58953e-73.

3. The ensemble diversity 1263.03.

4. You may look at the dot plot containing the base pair probabilities [below]

Download Dot plot JPG EPS

III. Graphical output

1. A note on base-pairing probabilities:--

The structure below is colored by base-pairing probabilities. For unpaired regions the color denotes the probability of being unpaired. The reliability information of RNA secondary structure plot in the form of color annotation, Positional entropy ranging from red (low entropy, well-defined) via green to blue and violet (high entropy, ill-defined).

Download RNA structure JPG EPS

2. Here you find a mountain plot representation of the MFE structure, the thermodynamic ensemble of RNA structures, and the centroid structure. Additionally we present the positional entropy for each position. The resulting plot shows three curves, two mountain plots derived from the MFE structure (red) and the pairing probabilities (black) and a positional entropy curve (green). Well-defined regions are identified by low entropy.

Download mountain plot JPG EPS