lncRNA Structure Prediction

Species Name : Withania somnifera Sequence Id : GBHJ01006486.1

I. Result for minimum free energy prediction

The optimal secondary structure in dot-bracket notation with a minimum free energy of (-1080.30) is given below.

1. Sequence-
CCAAAGCCAGUCCCCUCGACGUCGGCCAGAACGACCUUUCGGGACACCCAAUACUGGUUA
GCUGCUUCUCUAAUGCAAUUGACAAUCUCGAAAAAGAGAAAAAAACUAAGUGCCACGUGA
AUAUAUCAUCGCGCAUUAACUUUGAGGCUUGUGUGAAUUCCACAUCAAUUGUGUUGGAUA
UGACUUAUUUCUUUUGUUACCUUGGAAUUUUUGCUUUUAGAACUCCUAACGAGUAACAGA
AAUUCAAGCAAUUGGAUAUUGUUCAAAAGCAUCUCUUUCUUUUUCUGUCUCCACCUAAAU
AAUCCAGAUUGAUAAGAUUGUGAUUGUGAUAUUGCGUGUCUUUUGAUGUGCUAUUAUUAA
UACCUGAUUGAGUUGAUUGAUUGAUUGAUUGUUGUGUUCUUCUUCUUCCAGAUAGUGAUU
GUGAUGUUAGCUGUCUUCUGAUGCAUUGUUCUUAUUACCAGAUUGGUUAUAUUGAUUCUC
UAUGUUUUUGUACUGUCGUUUUGCAUUGCUGUAGAGGUUUAACUAGUACCGUGUUCCUUU
CUUUUUAUUUGCUUUGAGAUUCUUCUUAUUUUGGAUGUGGAAUGAUAUAUUGAGUUGUGA
AUGGAUGUUGAUUCAGGUGUUUUGACAGCUUGGUGCAGCUGCUUUUAGUGGUUCUGGAUG
AAUGCAGAUGUUUAUAAGUCUGGUCUGAUGAUUGUGAUUUGCUAUCUACUUUGGCUUCUG
AAUUUGCGCCCUUUACUGAUGUACUUCUGUGUUCUGGUAGUCAGACUGUUUCUUUCUUCA
GGAGGCUUUGUGCUUUUUGGCGUACUAGUUGAAGUUUGUAUUUGAUACAGAUAUAGUAAU
GUCUUUUAUGCUUUUGGGCCUUAGAAAUGAUGUGCUGUAUGGAGAACAAUUUUUAGAUUA
CUGUUGAAGCAGCUGAAAUUAGUUUCCUUGCAUUUUAAUUGUCUGAAUUUAGAAUAGUUC
UUCUUUGUGCCCUCUCUCUUUUGCCAACUGCUUCAUUCUUUUGCAUGUAUUGAGGCAUUG
GAUUUUAUGCGUGAUCAAUAGUGUGCCUGGUUGUGCCAUAUAUGUUCGUCAAUUAUAGAA
GUAGAGAGAUACAUGACCUGUCUGAAGUUCAUUAUUGGGCGCAUGCUUGCUGAAAGUACU
ACUAUUUUGGAUACAUCUAUUGUUGAAAGUGAGUUCUUUUGACAAGGUAAUUAUGUUAUU
AAAUGUAAUGGGGGCUUCAAUUGUAUGUAACCAUUGUUUAAAAUAUAGAGAAGUUCAUAC
AGUGGUAACAUAAUUUAUUGUUCACUCUUGUGAUCUAUACUUAUUGGAUUCUUUUUGGUA
CUCCAAGAGUUAAAAAAAUUGAUGUUUUUUAAUGGUCAUCGCUUAAUAAACAUGAUCUAA
UAUGUACAAGUGAGUUUUCAAUCCCUUAUUAGGUUUUCUGUUUGCACUCUUAAAACAGGA
UGCAUAAGUUUACCUUCUCUCUCUCACAACAAAAUGCAGGAUGCGUAAGUGCGAGAGGAG
CCAUUUCUGUGCUUUACUUCUCCUUUUCCUCCUAAAUUCCAGCUUUUGAAGAGAAGUUGA
CAUUUUCCCACCAACUCCUCUAUAGUAAUGCAUGAAUGAAUUCUGAAGUAUAAAUGUUUA
CAUCUUCUCUCGGGCUUUUGCACAUAUAGCAUGGGCCAGCAGAAGUUAGAGAUAGGAAAU
UACCAAAUAGUUAAAAUAUCCAGGAAAGGAAUUGUAUGGACAUAAAUGAGUAUGGCACAC
GCUGAAUGCUUCAUAUAAACGUAGUUGAACAGAGAUGAAAUAGGCCACAGUGAUCCGGAA
UCUUGUGUGGAAUGGCUAUUGCUCAAUGGAUAAUAGGGGUGUUGGGAUAAUAAACUCUCG
AAGAGCUGUUAUGAGUGGUUUUGCAAUUUGAUAUUGUUAAUCUUACCUUGCAGUUGAAGA
AGGGUCUUGUACUUAGAAUACUCUGCCAGAUAGCUACUUUUUUCAUCUUUAAACUGAUGC
CCAAGAAUAUAAGUUGUAGAGUCGAACCUGUUCCUUUGUUGUUUAUCGUCUCUUCUUGUU
CAGAGGAGUGGUGGCAUGGGGAGGACAUCAAAGGAAGUCUUAAAUCGUUAUUGACCUUGC
UUCUAUAGCAUGGUCAACAUUACAAUGUUGUUUUUUUUUCACCCACCACACUUCAUUUUC
CUUUAUAUGACGGUUUAUAAAAUUUUCGGUAUGUAGUAACGUACUUUGCAUUUCUUAGAA
UGACAGGUGGGUGGAUAAGGUGGUGAUUCACAGAUUUCUUUUUCUUUGGUGGGUGGAGAA
GUGUUUUCUAUUGAGAAGUUUACACGCUUUACUAGUUUUGUAGAUGUGAAAGAACUGGUG
AUUUCUGAUUAAUGUAGCAUGCACAUUGAAAUGAAAGUGUUUUUUGGUUGAGAAGUGUUC
CGAUUAAAUCUGCAUGACUGUUGGAAUAGAGUGGUGUGUGGUUUUCUAAAUAAUUUUGAA
UUUCGAGUUUUAUAUGAACAUUCAGCAACUUGUUUGGGACCGAGGCUGUUGGCCAAGCUG
GAUUGAUAUGAAUUUGCACACUUGAGGUCUGAAUGGCUACUGAGUUUUGCAAUUACUAAA
AUUUUUGCUUUGUCACGAGUUUCUCUUUUUUUUUUUCCCAUGAGUUUGUCUCGAGUUGCC
AAUUUGAUUCUUUUAGAUUGUCUUCGUAAUACUCCCCUUUUUAAGGUGAGAAUUAUAACU
UGUGUAUUUGUCAGAUGCCUCUGCUGUGCACAGCAGUUGACUGUAGGUGUUUUGCAUCUC
UCAAAAUGUGAAUGCUAUCUAAAACUGUUUGUUUCACUAGAACCUAAGUUUUACACGUUU
GUUCAUGAUUUUGGCUUUGAUAUAAGCGAACUGAUCAGACCUUCCACAAAAUCAAUCUAG
CUUUUGUUUCUAAGCUUGUCUGUGUUCUAUGCUACCCAAAGUUGAGCCACUUACAAGCUU
GGCUGAGGGCUAGGCCUAGCCUAGGUCAAAUGCUACUUCUGGUUUUACUUCUCAACAUUC
CAUUGAGUUGUAUGACCUUUCAAUUUCUGUGGAGUGGGGUUUAAGAUGUUUGGUGAUACA
GUGUAUCGUUUGCUAAUUAUAAUUCAAUUUUGUCAAAGUAGACUCCUCGUUGAAAGAUUA
GGUAGCUAAGCUUGACGUAUUCAAUACUCCGUGGUGGAUAUUCUUUUUGUCUACUGCAUU
GUGCAUUGAUCAAUCUUCUGGUGUUAAUUACUAACGUGUGUGUAGUUGGUUAUAUUAAUU
AUUACACUUUACGUGCAUGUCAAAGAAUGCGCCAAUUGCUUGUUCCUACCACCUUCAUUG
CUCUUGGCGAUCCUCUUCUUUCCCCCAUAUGUCUAGACAGAAGUUAGUUUUGUUCAAUUU
UGCACUUGGAACUAACUUCAUUCGGGGACACACUAUUUUAUCGUGGAAGCUUUUGGCUGG
AAUUAUUGUUCAGCUUGUCUGGAGCUCUGUUCUCUAUGAUCUGAAGUUUUCCAGUGCACG
AAAGUUUCUCCUGGGCAUUCCCAUCAGCUCUCAGGUGGGUACUUUGUCUUUUAUGAGACC
AUCCAUUUAACUGGAAGAAAGAACAACAAAAAUCAGGGUCGAUUGCAUUUGAUCAUUGGA
CAUUGAAGGCAUCUUGUUAGUCAAGUUGUAAACUACUCCAUAGUUGUAGGUUAAAUGAAA
GUUCAGAGUGUGUAGAGCACCUAAUCUAAUUUCCUGACGAUUGCGAAUCUUCAAGCUUUA
CACUUGUGACUUGGCUUUUUUGCACCUUGGAGAAAUGUAUGGAGAUUUGUUUGAUGUAAC
UAGAGACUGGGAAUUGGCCAAAAGCUGCUUAGUAGAGAAUCCAAUGCACGUCCUCUAUGG
GCAGGUAAGAUUUUGCUCAUUUCCCAAAUACAGACAUGCAGAUUCUUGCGUCAUGUAUCU
GCUAUAUGAUGGAAUAAAAUAUUAAUAAAUUCAAGUCAAAAAGAGAUAUCUUUUGUGAGG
CCUCCCAAGUUAUCCGUCGUGAAUGCUGGCAAUGUGUCGUCAUCUGAAGUUAUUUUUAAG
CUAUCUACUGCUAGUCUUACAUAAUUAUUGAUAUCCUAUUUUUACGUUCCGUCACUGGCU
CCUAUCAAUACAUGCAUAUCGUCUAAUUUUAUUACUCAGGUUAUAUUAGAAUACAAAAAU
UGUUGUUGCAUUAUCAUCGUCGUCAGUAAAAAAAUAUUGAUAGGACUGGCAUCUACUUUU
ACCAUAAAAGUCACUUUUUUUUU

2. MFE structure-
.....((((((((.(((((.((((.......))))...)))))....(((....))).............(((((((((.((((((...((((((((((..........((((....((((((((((.(((((((....((...))...))))))).........(((((((.((((((............(((((((((
...(((.((((.......)))).)))......)))))))))))))))))))))))))).))))))...))))...)))))))))).........((((((((.((.((.(((((((((((.(((...(((((.((((((...((((((......))))))....((((.((((((((.((.((((((((.(((((((...
.((......(((((((....(((((.((((.((.....((((((((((((..((((....(((((((((((((((.(((((((...((((((((.((((((((((((((((((((((.............(((((..((((((((((...(((.(((((....)))))....(((...(((..((((.((((((.(((((
..(((..(((((((((.(((((((((((.((.((.(((..(((......))).))).)).))..(((((........)))))((((((.((((((..(((.............(((((......((((((.......((.((((....((.((((((.((..(((.....)))..)))))))).))...)))).))..))
))))......)))))((((((...))))))((((((((.(((((((((.(((....)))..)))))..)))))))))))))))..)))))).))))))..))))))))))).))).))))))..)))))))).))))))))))((.((((((((((((.......((((((((((((((....((((.(((((((.....
..........))))))))))).(((((((..((((.((((.((((..((((...)))))))))))).))))..)))))))..)))))))...((((.((......)).))))....)))))))(((((.....)))))..)))))))))))).)).....(((((((((......)))))))))((((((((((((....
.(((.(((((((((...((((..(((((.((((((((....(((........)))...)))))))).)))))....)))).((((....))))....(((.(((((((((.(((((((....)))))))............((((((.((((((.....)).)))).))))))))))))))).)))....(((....)))
..))))))))).)))((((((((.........)))))))).))))))..))))))...(((((.(((......(((((...)))))..))).)))))((((((....)).))))......)))...)))...........)))...))))))))))..))))).............)))))))))))))))).)))))).
......)))))))).....((((.((((((..(((((.(((.......))).)))))..(((((((((((..((((......(((.(((((.......(((......)))))))).))).((((......))))((((((.((((((..(((((...(((.((........(((......((..(((((..(((.....)
))...)))))..)).......))).....(((((((.....((((((........))))))....)))))))(((((((((.((((((((((.(((((..((((..(((.((((((((....(((((((((..((((.(((.(((((.((.((((........((((........))))...(((((((...(((((((.
(((((.....((((((((.(((((((((.(((((((.....))))))))))))..........)))).))))))))........)))....(((((.((((.....)))).))))))).)))))))..)))))))....((((((((..............((((((........))))))......(((((((....))
))))).(((((((....))))).))))))))))((((((((((((...((.(((........))).))(((((.(((((.(((((((((....)))))...))))...(((((((((((...........)))))))))))....(((((((((((..(((((((((........)))))......((((((((((((((
((((....((.....))..)))))))).(((((((((.(((((..((((((((((((((((((((.((...)).)))).)))))).)).))))))))))))).((((...))))(((((((((((((.....((((.......(((((((((..(((..((((.....((((............)))).....(((((((
(....................(((.....))).......((((((((.....)))))))).....(((((.(((.((((...)))).))).)))))))))))))......))))..))).((((((....))))))........((((((...))))))..((((((((((((((....(((((((....((((.....)
)))...)))))))...))..)))))).))))))((((......)))).......)))))))))...)))))))))))))))))......((((((((((..((((((...(((......))).))).)))..))))))))))....((.((((((...)))))).))..)))))))))........))))))))))((((
(((.((((((..........))))))..)))))))(((((.....(((((.((((((((...)))))(((..((((((....((((((...(((......))).....)))))).))))))..)))...))).))))).......)))))..((((((((.......))))))))))))..)))))))))))......((
(((.....)))))(((((.(((((((.(((((...))))))))))))..)))))((((........))))(((((..((....................))..)))))((......)))))))))))).(((((.((..((((((((((((((........)))....)))))))))))..))..)))))))))))))))
))..((((((((((((((((((......(((((.((((..(((((...)))))..)))).)))))...)))))))...)))))))))))..((((....))))..)))).)).)))))))).)))).....))))))))).....)))))))).))).))))..)))))....(((((((((......)))))).)))((
((..((.....)).)))).)))))))))))))))))))........)).)))..))))).)))))).))))))......)))).)))))))).))).....((((((...(((((..((((....)))))))))....))))))....))))))))))))))))).))....))))))))))..((((((((...((((.
....(((((((.(((((...............))))))))))))((((((.(((((.....................))))).))))))((((((((.....)))))))).((((.............))))...(((((((((....)))))).))))))))))).))))....)))...))))..)))))))))))).
)).)))).)))))......)))))))......))....))))))).))))))............)).)).))))...))))..))))..))))))))))))))))))))))))).)).)))))).)))).........)))))))))))))))........(((((((......))))))).))))))))....((((((
(...)))))))............

You can download the minimum free energy (MFE) structure in

II. Results for thermodynamic ensemble prediction

1. The free energy of the thermodynamic ensemble is [-1157.62] kcal/mol.

2. The frequency of mfe structure in ensemble 3.27104e-55.

3. The ensemble diversity 1067.57.

4. You may look at the dot plot containing the base pair probabilities [below]



Download Dot plot

III. Graphical output

1. A note on base-pairing probabilities:--

The structure below is colored by base-pairing probabilities. For unpaired regions the color denotes the probability of being unpaired. The reliability information of RNA secondary structure plot in the form of color annotation, Positional entropy ranging from red (low entropy, well-defined) via green to blue and violet (high entropy, ill-defined).

Download RNA structure

2. Here you find a mountain plot representation of the MFE structure, the thermodynamic ensemble of RNA structures, and the centroid structure. Additionally we present the positional entropy for each position. The resulting plot shows three curves, two mountain plots derived from the MFE structure (red) and the pairing probabilities (black) and a positional entropy curve (green). Well-defined regions are identified by low entropy.

Download mountain plot

* Results have been computed using RNAfold ViennaRNA-2.5.0.
* An equivalent command line call would have been RNAfold -p -d2 --noLP < test_sequenc.fa > test_sequenc.out
* A dot plot into the mountain plot coordinates transform using mountain.pl test_sequenc.fa | xmgrace -pipe