lncRNA Structure Prediction

Species Name : Withania somnifera Sequence Id : GBHJ01009419.1

I. Result for minimum free energy prediction

The optimal secondary structure in dot-bracket notation with a minimum free energy of (-930.50) is given below.

1. Sequence-
GAAAGAAUGAGGUUCUAGAGAGUUUAGGGAUUUUUUAUUGAAAGGGUGCUUGCCCCUCUC
UGCACGAGCCGAUGAUUUCUCCAUUAUUUUGCGAUCCCAACAAACCUUUCAUCAAUUUUA
ACGGAGAGAGUAAUAUCAAGAGCCUAUUUGGUUGUUUGUUGGUUACGUAUGGUUUCAAAA
GGGUUUCUACGCCCGGUAACUCCUUUUCUUUCUCUUUUCCAAUGUCUCUACCGGAGCUUU
GUGUACUGUUAGUAAGAGUAGUGGAAAUUGGCGCCCGGGUGGAGGGGGGAGUAUAAUCGG
UGGCUCAAAAGAGGCGAUCAUGAUCUCUUGUCAAUUAUUAUUCCCUUCUGAGCUGAGCAA
UUAGGCGUUUAAGGUUUUGUGACCCGUAUCUUGGCGGGGCAUUCUCAGAUUUCUAGUGUU
UUUUUGAAGCCAUGGCGUUGUUGAAUCGUUUUUCGCCUGAGCUUAACACAUAUCUGAGCC
UUAUUUCUUCUGUCAGUUUAUGAGCCUAGAAUAAGUUUAAGAGAGCUAAAAUCAAGGCUU
AGACAAUAAAAAUAGACUCCCCAACUUGAAAUAUCAGUUCCUGCCUCAAAUCAGGUAAAA
UAAUCGUCUUUCUGUUUAUUUUUAGACUAUUUUUGUCUACGUUAUGUGUAGUUUUUCUUU
GGUUUUGUUUCGAGUGCAAAAUUUUACAUGUUUUGCGACAGAAUAUUGUUGGUUAAGGUG
UUGUUUCUUUACUUUUUAAGGCAUGUCUUGAUAUGUCUAACUUAAGUCUUGGGGGCUCUU
AUGUGAUUCAUGAUAUGCCUGGUUUGAUAAGGUCUGGUUACAAGAUUAAGUUUUUGUGCC
CCAUUACCUCUACUUGCUUCCUUUAUAGUUUAAUGAAUUAUAAGUUGCGUGAACUGUUUA
UGGUUUGAGUCUAAUAAAUUGUUCAUUUUUUCUAAAGCCUAAAAAAUGAAAUUUUGUUUA
CUUUGUGUUACUAUCGAACACACAGUUUGCAGGAUAUUUGACUAAUGCUUCAAGUUUACU
GUCCAUAACAUGUUUGGAGUCUGACCACUAUAGUUCACUUCUUACUUCAGAUCUGAUUAA
GGGUUAUGCUUACUGUCGUUUGUUUGAAGGCUGAAGUCUUAAGUAGUUAAAAUCAGUAAU
AGUAAUUUGUAAUUUACCUGUUUUGUCCAUGUAUGCUUAAAGAUAAGACCUUUGUGUGAU
GAUUGGGAGUCUUUAUAACUUUGUUGUUUAAACCUAUGAUCAUGAGGUUCUGAAAUGAAA
GAAGCCUUUUCCUUUCAUGGUUUACAAAGGUGUCCAGUUUGGUGCUGCCUGAACCAAUCA
AUUCUCUUUAAGGAUGAGAUCCUAAUCUAAAUUUAUGCAUUUGUAAGUCGUUUUUGUCCA
GUCCACCCCUAUUUUGGAUAAUUAACCCUGCAUAGAUUCAAUCUCAGAUCUGAAUUCAUU
GGUUUGUGCUCUAUUUAUAUGUUGUUGAUGCUAAAAUUCCUCCAAACUUGCAUGAGUCGU
CUGCAUAGGUUAAGAGACCUACCAUAGGUCAUUUUAUAAUUACGACCUGCGCAGCAUCAU
ACUCAUGCAUUGAAUUACUCCUAUUAAGCUCAAAUUAGUUUCUUUACGUAUAUGAUAUCC
CAGGUUUAAUACGCAUUUCAAAACAGUAAAAUGAGGUUUCCAGUCAGUAUAUGGUCUGUA
GGAUCUUAAUCUCUGUUACCUAAUUUCAAUAAGAUUUGUCAAGGGAGAAUUGAACUUUCA
UGUUUUGUUUUCACUUGAUUUGCUUUCCACCUGGUUUGAUGUUGAUCAACUGCUUCUAAC
CACAUGAAGUUAGGAGAAGAUGGAUUAUUUUUUUGUUAGGAUCAGAACAUAGAGGCAUGU
UAGGCUUAAGGUCCUGACUUCAUGUUUAGAGAGUUCAGUCUUCAAGGUUCAAAUGAUCCU
AUACUGAUUGAUUUAAGUUCUGUGUUGGCCUUUUAAUUUCUGGAAAUGUUGUCUUCAUUA
CCUUUAAUAUGAUAUUAUACUUGUUUAAACUGGAAAGCUUUCACCUUUUACUCUUUAUGU
CAAUGGCACGGUUCUGUUUCUAUUGAGCCAAAUUCAUCAGUAGAACACUCUAUAGUCUAG
GAUGUCUUCUUGUUCUUUUCAUGAUAAAGAUUGCAUCUUUGUGAUCAAUACCUCGCACAU
UUGGUUUGUGUGUGUCCAUUCCUGUUUUAUAACGUGAAACCUACUUACCUAAGGUCCUAU
GUUAGUCAUGGUAUGGCUAAAAUGGUAUAAUUUUGGCAUCUGUGUGUUAGAUUGUGUCAU
ACAUAGGUUAUCUGGGUAUGGCAUUUCCUUUCUCUGGAAAAAAUCGUAUGUGGUGACAUG
AUUAAAUGCUGACUGUUUGGCCAUUGUAUGUUUGUUUGUAAGUUUGGUGCCCAUUUACAU
GUUGAUUUGUCUCUACCUGCAAUCACAUAGAUUUAAGGAAAACCAACCUUUAAAUGUGAA
CCACUUAGCAACAUGUUUGAGGUUUGGUCUGGCUUAUUCCCUGUUUUGUGUUAAGGUCAA
AGUCUCCUAAGCAGAAUUAUUAGUUGAUAUAUUUAUUACAUAUUUGCUGGUUCAUUAUCU
AAUGAGGGCAUGCGAGCUCACUGGUUAACUUGGAUUGUACGUAGAAGUUAUAUCUGUUUG
UGACUGUUUUGCCUUAUAAAUAAGAUAGAAGUUUCAAUCUUUAUGAUCUGUUCGCUGUUU
UGCUUGGGUGUUCAAACAAAAAUGUGAAUUUGGCAGCGGUAAUUGCCCACGAGACUAGUU
UUAUUCAGCUUUAUUGUCUGUGUCUUCCCUUUUUCCGUUACUUUGAGCGUGUUAAAGGGU
AUUUGACAAGUAGAAAGUAUGAACCUUGUUCAACUUGGUGUUUAGAGUAAUACCAAACUU
UAUUAUCUCUUUGCUUAAGCCUUUAACAGUUUUCUGACUGGUGAGAGUGUUUGAAAGAUG
GCUUCUUGAUAGCCUUUGAUGAUCUCUGAUCCUUCUUUGUUAAUCUGCCAAGAAUGCAUC
UUUUCCUGUGAAUUUGUCAUUUAUUUGGUUGUCUGUUUCAUAUGUAUGCCUGUCCUUGAU
UUUUCAAGUCUCCUAGUUACUCAUACUUCUUAUUUUAUUUGCAUGAGUUCUCUUGAGUCC
AUGGGACUCACAUCCUUCUUGCCUAUCGAGCAAAAUUCAUCCAAGUCCGAGAUGAACUGA
AGACAAAGGAGAAAGAGAAGACAGAAAAAUGGUCCGAAGCCCAUUAAAUUUAAGACAGCG
AGCAGCAGCUGUUGCAAUGGGCUGAAGCCCAAUUUAUUGAUAGAUUAGUACAGGUGCAGG
UGGUUGGGCCGAGCCCAUUAAGAUGUAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAAUAAUA
CCCUUCUAGGGCCCAAAAUCCCAUCUUCUAUUUCUUUAUUUAUUUUAUUCAUUAUUUAUA
GGUUAUAAUGGGCCAUAAGGCCCCCUUUCCUCUUUUCUCUAUUAUUUCAAUAUUAUGGGC
AAUAAGGCCCACUUUGCUAGAAUUAGGACAAGUUGACGCGAAAUGGGGCAAAACCCACAA
GUAUCGAGUUCGGUUAUCUCUCAUAGGCGUACAGAUAAGUAGAACUGGAUCCAAGUGUCU
UGGAUGAGCCUUAAGCCAAGUUUUCC

2. MFE structure-
.......((((((((.((((((..((((.(((((((....))))))).))))...))))))((((((((((((((.(((..........((((...((((((((((((((.((.........)).)))))..........((((.....)))))))))))))...))))((((((.....((((......))))((....
.))............((((((...((((((.(((.((.....)).))).)))..)))....))))))..((((((.((.((((((((((((((((((...((((....((((((((....)).)))))))))))))).))))))))))((((((((.((...(((....(((((....(((.(((((......))))).)
)).(((((((.....(((((......((((((.((((................)))))).)))))))))..))))))))))))...))).))))))))))(((((((.((...(((((....)))))....)).)))))))(((((((((...((((((((.((((.((....))))))..(((((......)))))...
.(((((((.....(((((....))))).........(((((.....))))).........((((((((((.(((((((((((.......)))))))(((((((((..((.(((..(((((.((...(((((.......(((((((((.(((...(((.......(((((...))))).......)))))).)))))))))
.......)))))...((.(((((((......))))))).)))).)))))..))).))................((((((((((((((((((((((((...(((((.((.(((((.......((((((((((.........))))))))))....(((..(((.((((((.......)))))).)))..)))(((((...(
(((.........))))...))))).........))))).)).)))))..)))))))))......((((((((.((((((((.......))))..))))...))))))))(((((....((((....))))..)))))....)))))))))))))))..))))))))).......))))..)))))))))).......)))
)))))))))))).......)))))))))((((((.((((....((((((((........)).))))))......))))))))))........)))).)).))))))....))))))....(((((.....))))).(((((........((((((((((....(((.......((((((((............)))))))
))))....))))))))))........)))))))).))))))))))))))(((((((((.((((...(((((.................(((((((((.((((((.((((((((((((((((...)))))).))))........)))))).)))).))...)))))))))............(((((((((((.((..((.
.....))..)).)))........)))))))).)))))....)))).........((((..((((((((((.(((((.(((((((((((..........((((((((((..(((....((((((.((((((.((((......)))).)))))).))))))...)))......(((((.((.((.........)).)).)))
))..))))))))))....(((((((......(((((((.((..((((((..(((((((.(((((((.(((((...(((..(((.((((((((..((((((....(((.((....)).))).....))))))...(((.((......)).)))....)))))))).)))..)))......))))).....((((((.....
..((..((..(((((...)))))..))..)).....)))))).((((.((((.........)))).)))).........(((((....)))))))))))).)))))))..))))))..)).)))))))(((((((....))))))).......((((((.......)))))).)))))))...(((((((...)))))))
.........)))))))))))....(((((.(((((((((((((......))))))))(((((.....))))).(((((((((.(((.....))).)))))))))((((.......)))).....)))))...)))))..))))).))))))))))...))))..(((((((((((((((..((((.((.(((((((...(
((((((((((((((((.((((((((((..((..((((....(((((.(((((((((((.............))))))))))).)))))....)))).))..))).((.((((.(((.........))).)))).))..((((((.(((((.........))))).))))))(((((....)))))((((......)))).
............))))))).)))))(((((((......))))))).....((((.((((((((((((((((.....(((.....)))(((((((((((((((..((((((((((..........)))))..(((((......)))))..((.(((((.((((.....((......))...(((((((.((((((((..((
((((..((.(((((((.....))))))).))..))))))(((((...)))))..((((((((......)))))))).((((((((((((.....((((((((((..(((((....)))))...)))).))))))((((((..((((((.(((...(((((((((...)))).......))))).))).))))))..))))
)).....((((.....))))..((((((.((..(((((.(((.(((........(((((....)))))..........((((((..................)))))).....(((((((...))))))).........))).))).))))).....)).))))))..)))))))..))))).....)))))))).))))
))).)))).)))))))..))))).......)))))))))))))))..((((((((((((((((...((((((((..(((.................)))..))))))))..))))))).....))))))))).((.((.((....)).)).)).......((((...)))).............))))))))........
...........))))))))))))......(((((....)))))................................(((((......))))).....(((....)))))))))))))))..))))))))).))))..))))..((((....))))........))))))))))).))))))))).....(((((((...))
))))))))))))).............

You can download the minimum free energy (MFE) structure in

II. Results for thermodynamic ensemble prediction

1. The free energy of the thermodynamic ensemble is [-995.92] kcal/mol.

2. The frequency of mfe structure in ensemble 7.93337e-47.

3. The ensemble diversity 911.84.

4. You may look at the dot plot containing the base pair probabilities [below]



Download Dot plot

III. Graphical output

1. A note on base-pairing probabilities:--

The structure below is colored by base-pairing probabilities. For unpaired regions the color denotes the probability of being unpaired. The reliability information of RNA secondary structure plot in the form of color annotation, Positional entropy ranging from red (low entropy, well-defined) via green to blue and violet (high entropy, ill-defined).

Download RNA structure

2. Here you find a mountain plot representation of the MFE structure, the thermodynamic ensemble of RNA structures, and the centroid structure. Additionally we present the positional entropy for each position. The resulting plot shows three curves, two mountain plots derived from the MFE structure (red) and the pairing probabilities (black) and a positional entropy curve (green). Well-defined regions are identified by low entropy.

Download mountain plot

* Results have been computed using RNAfold ViennaRNA-2.5.0.
* An equivalent command line call would have been RNAfold -p -d2 --noLP < test_sequenc.fa > test_sequenc.out
* A dot plot into the mountain plot coordinates transform using mountain.pl test_sequenc.fa | xmgrace -pipe