lncRNA Structure Prediction

I. Result for minimum free energy prediction

The optimal secondary structure in dot-bracket notation with a minimum free energy of (-617.70) is given below.

1. Sequence-
CUUUAAUACUAAUUAUCUCCCCAUUUUUGCCUUCCUCUUUCAUUGAUAAAAUUAUUUACU
UAUCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAUCAUGUCACGGGUCACCUAUACCCAAUUAAACUU
CCAGAAAAUGUCUUUUCAAGGUAAAUCUGUUAAUGGAAAACAUUUGUUGCAUACUGAGUG
UGCCUUGAGAUCCUGACAUCUAGAAGCCCUAUAUCUUGGUUUUAGGAGCAACAAGGUUAU
GUUCCUUUAAAGGUGGGAAAAAUUGUGACAGUGAAGGCAUAUGAAUGUUUUUUUCUUUUU
AAAGAUAAUGUACUGGACAAGUCAUCUUUUGCACCUCAAUAAAGUGAUAGUAGUAUUAUA
UAAUCUACAACUUGGAAUUCUCUAUUUACAUGUUUUGCCUAUGUAUAUGAUAUAAAAUGU
UAUUAUAAAGCGUUAAUUUUUUAUUCUAAUUGUAUGGAAGUUAUUGCAGGCUAGGCUUCA
UUUUUGGUUCAUUCUAAACAAAGGAAAACCAAGCAGUAUACUUGCUGCAUGUUUUCUUUU
CCACGUUGUUUUGGUUCCAUCAACGUAGCACACUUAUAUUUCGGUUUUAGAUUAACUUGG
AAGCUACUGGUGCAUAUUUCAGUAUGAUAUUGUCUCUUAUGAUUUUUCUGUAUGCGGUAA
UCGAAUUAAUGGUUAUAGUUUUCCUUAGUAUCUUGUAGCCUCUUUGUUUUGGCUAUACGA
GAAAAGAAUAUUGAAAGUUUCUCUGAGUGUCUGACACUGUGUUAAUUAUGUAACAUUGUC
AUUCGUUGGACUAAACCUUCAAAAUUUUCAUCAAACUACCAAGUUCAGUUUGGAAAUUUU
AUGUUGUGGGAUUUGAAUUAUACAAUAAUCUGGUGUUGUCCAAGAAACAUGUUCAGCAGU
AACUCGUAUGUGUGUUUGAUUGAUGCAGAUUUAGUUGUAUUUACGUGUUUUUGAGAUAUU
AGGCUCUAUAACAAGGCAAUAAGUUGUGUCUGGAAAAGGUGAUCUAUUAGAUUUGUUUCA
AUUUUGGUGGAAUGGUCUAGCAUGUCAGGCAUAUGCCAUAUAUCUAUGUAGUCUGUUUAA
CCGGUACUCAUACAGUGUCUUCGGUACUUUAAUUCAUUCAUAUCCUGGAAUUUUCAGCUU
GUCAUUGGAUAAGCUGUCAAAUAGUUCAAAUAGUGUGUCUAUCAUAUUAAGUUCAUUGUG
UAGGUUGCAUCUGCACUUUUCCACGGUUGAUACACCAGCUGCAUUUAUUUGCUUUUUUAU
GAGAUUGACUAUUACUCUCUUUUCAAUCUGAAAGUCUAUGGUUACUAAUCCUUCCAAUAG
UUAUAUUAAAGUAUGAAAACGGUUUAUGAUUGGACAUAAUAUGCAAUUUCAUGGUUAACA
GAAAUUUUCAUACAGGAGAGACUUGAACAUUAAUUGUAAGGUUGGGUAUUCUAUUAUGAA
UAAGAUAGGUUGCUUAAAAUUGAUGUCAAUCCUUAUCUGUUACUGUUCCAGAAACAUACA
UUUUGUACUAACAGUUGUAUUCGAUUUUUGUCCAGUUUAAUCAGUUUAACAUUUCAGCGG
GAUUAAAUUAUAUCCAGUCUUGGUAUUCUCUUGCACGAGGGCAAGAACAAUAUAUACUUG
UUUGGUGUUAACCAAACUUUCCCUUUAUGUCCUCUCAAUCAGACUCCCUGUCACCACAUU
UCUCUAACAUCAAAUAUGUUCUCGCUUUUAUUUUGAAUUGAACAUGAAACUGAGAAUCUU
CUAGGUGUUGUAAAGGAAUUUAGGCUGUGGUCUGUAAUAUUUAGGUAACAGCUGCUUUCC
UUGGACCAACUUUAAGACCUGAGCAACCAUGGACAGUGUGGGGUUGAAGGUAACAUUCCA
AGGAUACAAGGCCACUAGCAGAGGCUGGUGCACUUAGUUACCAUGUGAAACUGAUACUUU
UGGACUCUGAAAAUGUAAAAUGUGACUCCUCCCUUUUCUGGUAGUUCCAUUUUGUUCAUA
UUUGUUAAAUAACCUUCUUUUAUCCUCUGAUAUAUGUGGUUGCCUAAUGCUGUGAAUGAU
GAAGUUUUUUGAUAUGAUAUCGAGGGACCACACAACCUCACGCCCUUUCACUAGAAGUCA
AGCUCAGGAUCUUCAACAAAUUCACUCAUUGUGCAAGCAUAAAGAGGUAUGUGAAGCCAU
UGAAGGACCCCGAGGUGUGCUUUAUUGAGUACGGAAGGUCAAGUAGGAAAUGACAUCAAA
UGAAGGCGCAACGUCGAGUGAAGCCUCAAACUCACCUAGCUGCCCAAUGAGCCGUUCAAU
ACUGGGCAACUCGCCCAACUAGCCAUCCAUGGCUUCUUCUUAAAGGGUGCAGCUUGUCCA
UCAACAAGAAGAACCCCCCAAUGAGUCGUCUCUUCAAGGAAGAAUCACCCAAAUGGGUAG
CCCACUUGAUUUUAGUCCAGCGUUCAUUUAAGCCUUAAAUGACUAUGUUUUAAAAACCCA
CUUUGGGUGCUAAGUAUGUAAUAAGCUUAUGAAUAUUUAAGGCACACUUAGACUUUAUUU
UGCUUAGUUAGUUUUGGAUGAUCAAAAACAGUCUCUUUAGUUUCAAAAAAAAAA

2. MFE structure-
.......(((((...............((((((.....(((((.......(((((.((((((........................(((((((((((((.......)))).......((((.(((...((((.((((((((((..((.((..(((.((........)).))))).))...))))))))))....))))))
).))))(((...(((((......(((((((.........)))))))...)))))))).......)))))).)))(((.(((((((((......((((....))))(((.((((((((((.((((.((((...........)))))))).((((.(((....)))))))....((((....))))..((((((.......)
)))))(((((((........)))))))..(((.(((((((((((.......))).)))))))).)))..((((((((......((((((..((((......)))).))))))((((((....))))))......((((((((.(((((.(((((((((((((..(((((.........((((((((.......))).)))
)))))))))))((((((......((.(((........))).))......)))))))).))))))).)))))(((((((.....(((((((((((((((((..........))))))..((((((.............))))))....((..(((((..((((((......)))))))))))..)).(((((...(((...
((((((((((...((((....)))).....)))))))))).(((((((.(((....))).)))))))....)))...)))))((((((((((.......(((((...((.((((((.....)))))).))..))))).....)))))))))))))))))))))..))))))).(((((........))))))))))))).
..(((((((((.(((...))).)))))))))..))))))))((((..(((....)))..)))).((((.((((((......))).)))))))...))))..)))))).)))...)))))))))))).(((((..(((((((((....)))))))))......)))))...(((((((.....)))))))........(((
(((((...))))))))......((((((.((....((((((((......))).......((((.((((((.((((((....((((...(((..(((.....(((((...((((((....(((((....(((((((((..(((..((((((((...((((.(((...((((.(((..(((((..........(((((.(((
..((((.((((((((......(((((((.((((((........)))))).)))))))))))))))))))..))).)))))..))))))))))))....))).)))).....)))))))).)))((((((((((((....((((((((.((((...(((.((((........)))).(((((((((((.((((((......
))))))..)))))......(((((((....)))))))....((((.(((((((.((((((.(((.....))).((((((((((.(((((((......(((((((.((((((.((......)).)))))).)))))))......)))))))..((((((....((((((..((((.......))))..))))))...))))
))((.....(((........)))...))..))).))))))))))))))))..))))...))))...))))))(((((((....)))))))......)))...)))).))))))))....))))))...)))))).(((((((.((((((..........)).)))).)))))))))))))))).....)))))((((...
((.(((((......((((.((((.(((((..((((((..(((((..((((((..((((.(((((((................)))))......)).))))...)))))).)))))....)))))).))))).)))).)))).)))))))...))))((......))(((....)))((((((....))))))))))))..
.))))).....))).)))..))))((((...))))))))))))..)))).))))...)))))....)).)))))).......(((((.....)))))...(((((....)))))(((((((...((((....(((((......)))))....))))......(((....)))....)))))))..(((((((((((((..
.........((((((...(((((((((((((...))))))))..)))))))))))))))).)))))))).)))))).)))))......))))).....)))))).....(((((...(((((.(((............))).)))))..)))))..))))).............

You can download the minimum free energy (MFE) structure in Vienna Format

II. Results for thermodynamic ensemble prediction

1. The free energy of the thermodynamic ensemble is [-660.92] kcal/mol.

2. The frequency of mfe structure in ensemble 3.51394e-31.

3. The ensemble diversity 633.01.

4. You may look at the dot plot containing the base pair probabilities [below]

Download Dot plot JPG EPS

III. Graphical output

1. A note on base-pairing probabilities:--

The structure below is colored by base-pairing probabilities. For unpaired regions the color denotes the probability of being unpaired. The reliability information of RNA secondary structure plot in the form of color annotation, Positional entropy ranging from red (low entropy, well-defined) via green to blue and violet (high entropy, ill-defined).

Download RNA structure JPG EPS

2. Here you find a mountain plot representation of the MFE structure, the thermodynamic ensemble of RNA structures, and the centroid structure. Additionally we present the positional entropy for each position. The resulting plot shows three curves, two mountain plots derived from the MFE structure (red) and the pairing probabilities (black) and a positional entropy curve (green). Well-defined regions are identified by low entropy.

Download mountain plot JPG EPS