lncRNA Structure Prediction

I. Result for minimum free energy prediction

The optimal secondary structure in dot-bracket notation with a minimum free energy of (-829.80) is given below.

1. Sequence-
CUAUAAUAACACGAAUUGAGGUGAAAAUUAAGGAAAUGGAGGCAUAAAUAGUCAAAUAAA
UUUAUAGCUAAAAUAAUAUAAGUAAAUAAAGAGGAGAGUCAGAAAACCAAGCCUAGGAUU
UUGGUUUUGCGCCCAAUUAAAGAUUUAUAUAGCCUUAAAUAUUCACUUUCUUGAUUCCGG
UCUUCGUCCUUUUGAACUUGGUUAAGGAUAGGCUCGACAUUGGGUUUUAGGCCCAUGAGG
AAGUGUAGAAUGAGAAGUUCAUUCGGACUCGGCAGGAGAGUUCAUGCAAGAGAGGUGAUA
AAGAUUAGUAUCAAUAAAAGAUUUAAUUUAGAUAAAAUCCAUAAAACACAGAAACUCGCA
AGAAACUGAAAAUAGAGCACACUCAAGGUAUGGCAAAUAAAUGUCAUAUAAGAACAGGCA
UGGUGAGAUGGGAUCAAAAAAUUAGUAGAGGUAUGAAUACAAAAACUUCAAAUUUCUCUU
UUUAUAAUCAACGAAAUGAAGACGCAACCCUUUAGAUAUUUCUUAAUUCAUGCUCCCAGG
UGACUUAGAGCAAUCAACAGAUUUAGAAAAGGGAAGCACGCAGGUGCGAUCCCUAGUCCU
AAUUUUUACAAACAAGUCUCAAACAAAUCCAAUAGAUUAAUCAAUAACCAGAGAAGCUGG
CUAAAAUAGCUGUCAAUCAACUUCAAUUACGCUUAACAGACCUUGCUUAAGCUUAAGUAA
UGGACGAUCAUCCACAAAAGAAUUUUUAGUUCAACAUGUUUGGCAACUGUUGUUGAGCCU
UUGAAAACCUAUUUUAUUACUUAGGCAGCACUAUCAUCCAUAAGCAUAUUAUUAAAUUUC
AAACAAAGGUAAGAUCAAGAUGCAUGAUAGCACCUCUCAAUAGACGCACAGGUUCAAGAA
CAAACAACCUGAAUCAUUACAGGUUCAAAUUAAGUCAUGAAACCUUCACAAAUAACAACC
UAGGCUCACAGAUAUAUUGAACUUAUCUCAUCAAUUCAGCGGGAAUCAAAUUAAAAACAA
CUCUGUUCAAAAUAAAACAAGUGUUGAAAUGCUCCAGUUGUAAAAUUCAACCAUUGACAU
AAAUUUGUUAAGCGAAGGAUGCCUAAGACUGAACAUGAUGUCACUACAUAGUGAAUUAUG
AAUAAAUAUUAUGCCCUUCUUAAGUCAAUAAUUUUACAAACAAGAUUCAAAACAAGCACA
UUUUUACCAAACAAGGUUCUAAUAAAAUUGAAACAUCACAUUUAGAAACUCUAGAAUUUC
AAACAUGCUUUCACAUAACUACUUUGUAUUAACCAAGGCAUAGACCAUUAUAUACUGUAA
UGAAACUUGAAACCAUUUCUGUACAUCCCAUACGGUUUUAUACAUUCAGAUAGUGAGUAA
CCAAUUUUAACAUCAAAUGAUGCAACACAAGUCAUAAUAUUAUCCAGAAAGGCUUAUCAU
GCCUUCUAGAUUGAACGUGUGAAUUCAAACUAGACAGAACCUAACAUGUUAUUAGACAAA
UACCAAAAUUUUAUACAGUUGGUCAUAAAUACUCAACAUAUGAGAUGAACCUUUGACAGA
AAACGAACAACCAAGGUUUAUACAUGUCACCACCCACUGGUUUUAACCCUUAAUGAAAAC
UUUUAUCUUGGUAUAAAUAGAUUGAUGAAGUAGAGAGCAAGUCAUUUAUACGUCAAAAAC
UUGAGUGGUGCAUGUCAAAGAUUUAACUUCCAACAUAAAAUAGCCACAAAUAAAAUAGCC
UAGGCCUAACAUGCUUCUAGAAACAUGUACCAACAUCAAGCCAUCUAUUUCAUACCCAAC
AUGUAUUAGUAUACCACACAGGUGGGUAUUUGUCAACUUUAAUACCAGAUUAUCUAAUUU
UCCUAUCUACAGAUGCCUGUUUUCGUAUUCAUAUAUUUGACCAACAACUAUCAUUUAAAA
AACCCAAGUUCAACUUAAACAUAAAGCAUGCUAUUGUCAACCAUAGGUAAAUCCCUAAAC
AGGCUACUACCUUUAUUUUAAUCAUACAAAAUCCCAAAUUUUUCACCCCAUAUGCAUUAU
UCAUAUAACAAAAUAUAACCAGGACUCCAUGACAGAUCACAAAGGACUUUAUUGUUAUCA
CUACACAAAAAAAGCUUAUAACAUUCAUUCUUAAGUUAGUGCAAGUUGAUUUUAACUUAA
AAGAUCUUAUUUUUCAAAAUCUUAGGUGAUCGAGACUUCAGAAAUGAACAACCAGCAUUA
UUAAUCAUUGAAUCAAAGUGGAAACCGACAUGUCCUAAAGACUCAAUCUUGGUUAUGAAA
ACCUAUUAGAACAAGAUGGAUGAGAUUUGACAGCAUGUAAAAUAUUUCAUUUCAGGUGUG
AAGACACAAAUUUUAUCAGAAAGACCAACAGAAAACAUGUCACAUAAACUUCCAUGCUCA
CUUAUACAUGCUGGAUUUUGAAACCAUUACAAAGGAGAAACACACAAUUUAUUCACAGAU
GCAGCACAAGGCUUACUAUCUUCAGGUUGCUCCAAAUACUUUGCAUUAAAGACAUCUUAC
AGGUUCUAGUUAUGAGGUCAAUGAUACAGCAGUUCUGUUCACCUCAAGUUCAAAAUAAUC
UUGCCAUCGACUAAACUGAAAUUAUCAAAACUUGACCCUUUUAAACAAAAAACAAAUAUG
CUAGGAACUAAUCAUAAUCAUUUCUUAUCCUAUCAUGCUUCUAAUGCUCUUAAAAUAGAA
ACUAUUGACUUGAUUCAUCUAAUCUAUCACAAAGACUCAAUUAGUAGCAGUCAAUAAAAC
UUCCAGACUUGCUUUUACCAAAAAAACAUAUGCAAACAAUAUAAAGACAAACAAAUUAGU
UUAGCCAGGGCCUAAGCAUACUGAAAUCCACACACAAGUUAUCAGAGAACAUGUCUCGUG
AAAAUUAAUAUAUACAGACAGCCAUGGACAAAUUAGUAUCCAGUAUCCAUUUAAUCUUUU
UAACAUGAUAAAGAUGAUGACUAUUUGAAAGGAUAUAAGAUGUCAAUAUCAUAAAGACUC
AAAUUUUAGAAUGAAACAGUACUUAACAUGAUGUCACUGGGACCCUACAUACUUCUAAAC
AUCAGCCUCAGAAGCAAAAACUUUUUCCUAAACACAGAACAUAAGAGGUAUUGUUAAAUU
AGCCAAAACAAACCUUGUACAAUAAACUAGAAGACCUACAUGUUUUCUACAUGUCAAAUG
ACCUUCAGAAAACACUCACAACUAAGCAAAAUCAGCACUUAAACCAAACUAAGAUACUGA
AAUCAUGUAAUGCCUAGAUAUGUUGUGACCACUACAGACCAUGAAACGUGGAAGAACUAA
AAAUGAAUUUAGCUUAGCUAAAGUAUGAAAUGCUAUCAACAUAUCACAUAUUGUCUAUUC
UCAUAUAAAGGUAUUUUUCAAAUAUUAACCUGUAGCAACUAAUCGUCAAGACUUGAACUU
UAUUGUAAUCUAGGACAAAGUAAGGUAGGCCCUAAUAUGCUAUUUCUAGGAAUUCUUUAA
CAAAUCCACCCAUUUUAAAGAAACACAUACUCACACAAACUGUAAAUAAAAGAAGAGGGA
AAAACAGCUCGUACUCUAGCAACUUUCACAUUUUUACCUUAUUUUAAUUAAUAAAAACCU
UAAACCUAUUAACAUAUAGCCACACAUCGUCAAUACUUGAACUUUAUUGUAAUCUAGGAA
AAAGUAAGGUAGGACCAAACUUAAUAUGCUAUAGUGAGGAAUUCUUUAACACAAAUCCAU
CCAUUUUAAGCAAACACGCAUACUCACACAAACUGUAAAUAAGAGAAGAGGGGAAAACAA
CUCCUAUUAUAGCGAUUUUCACAUUUUUACCCUAUUUUAAUUAAUAAAAACCUUAAACCU
ACUACUUCAUACAAAUCUUCCCAUUGGACAUGUUAAACAAAUAGACCAACUUGUAAUCUA
UAUUAAUCAUAAAGAUCCUAUUUUUGGUUUAAUACAAGACAUAGGUGACAUGCUCAAGUU
UCAACAUCUCGUUUGUUACUUAUCUUUACAUUAACCAACAUCUUUCUUACCUUAUUCAUU
UAUUCAUAUCACAUAACAGCAGUUAGCAUCAAAUAAUAUACCAGAACCUAUUAGACUAGC
UUUAACAUUGAUUAAAAUGAUUUUUACCUUGUGGGGUGCAGGGACUAUAAUUUGAAAAGG
AGAGUAUUUUCAUUGAUUUUAAAUUUUGAAGUAUUAUAGAACCUCUUCAAUUCUCAGCUU
CCUUUCAUUUAGUAUAAGAAAAGCAUCUUCAAUACUCUCGAAAUCUGAGAGCGCAUUUUU
CGAUUUCUACUUUGUAAACUAAGAACCCUAAAAAGGAAUCCUUAGCAGCCCUAAAUAUCC
ACUAAAACCUAAAAGCGACAUACUACUUUAAAGAAUUCUUUAAUCUAAAAGGCUGCUCCG
AAGGCUAUUGUUACUUCCCUCAAGGCCCACCUAAAGGGGUUUAUACAGGGACCAAAUUAG
GGCUUGGAAUCAGGGGGAAAUUUGUGGAUUUGAAUUUAAACUGAAGGAUAAGGUUGGACA
GGUAUCACAAACGUUCAAAUUAAAAAGGAAAUCAAUAAGAAUUGGCCAAUUAGGGCCAAG
AAAAUUCCACAAUAAUUGGGAAAACAUCAGAAAAUUCUUUAAAACCAAUCAUGGAUGAAG
AACACGAACUAUUAUAGUACGAAUUCGUCAAGAAUAUUAAGAAAAAUAGAUAGAAAAAAU
UGUAACCUU

2. MFE structure-
((((((((....(((((((((((((..((((((.......(((((((((..........)))))).)))......((((((((.....((..((...((...(((((((((........)))))))))))..))..))....))))))))..))))))...)))))...))))))))((((((((((((..(((((((((
(((((((((((((((....((.((((((..((....(((...((((.((((((.....))))))((((((.......))))))............(((((........)))))......(((((..........)))))......)))).....)))))..)))))).))....)))).........((.(((((((((.
(((..((((.(((((((((((..((((((((((.....((((((((((.(((((...........(((((..((((................)))))))))..(((.......(((....))).......))).......((((((((((((.((((((((((..((..(((((.((((....))))..)))))..))..
)))).....................((((.....))))..........(((((.(((((.......)))))..............(((((((((((((.....)).))))))....)))))(((......)))..............(((((((.(((((((.....((((.((((((((.((....((((.........
.)))).....(((((((.(((.......(((((..............))))).......))).)))))))................)).)))))))).))))...((((((........))))))............(((..(((................))).)))))))))).)))))))..((((...........
))))................)))))................))))))..)))))..((((.......))))..((((((......))))))..(((((..((.(((.......((((((.(((((....)))))))))))........))).))))))).)))))))..((((((......)))))).............
.........(((((((((((..((((((((.....((((.((((((...)))))).........(((((((......((......)).......)))))))....(((((((...))))))).....(((((((...................)))))))............)))).....)))))))).((((....))
))...........................((((.......))))(((((.(((((........))))).))))).)))))))....))))....((((((((((...((((((((..((((((.......)).)))).))))))))(((((((...................)))))))((((((((.((((.....)))
)...........(((((....)))))...((((((((((((((((((..(((((((.....)).))))).)))))....((((((((((((((((..(((......)))..............................((((((.......))..))))..))))))))).)).)))))..)))))))).)))))..))
)))))).....((((.....)))))))))))))).......)))))...))).))))))))))))))).)).))))))))))).)))).))).)))))).)))))..))))).))))).....))))))))))..............(((((..((((((((.((((......))))...((....)).((((((.((((
(.......((((((((((((((...(((((((((.......)))))................((.((((.....((((((....(((......)))..(((((..........(((((.............)))))))))).((((((....))))))..(((((.............)))))..)))))).....((((
....)))).........................(((((((((((.(((.((((....((((.....))))((((.....))))((((((((((.(((((((((((..((((((((((((................((((....))))............................((((.............))))....
....)))))))))....................((((.(((...............(((((.(((.....)))...)))))....))).)))).....(((((...)))))..........(((((((((.....(((((((((((...(((((..(((.....((((...........)))).....)))..)))))..
..)))))....))))))......................)))).)))))........)))..)))))))).))).)).)))))))).(((......)))..(((((((.((((.((.................)).))))))))))).((((.............))))(((((((...........((((.......))
))............((((((((..(((.(((.........((((.................))))......(((((.(((............))))))))))).)))..))))))))..........((((..((((((..........))))))))))((((..((((((((....(((((......((((((..((((
(((.((((((((.((.................(((.(((..((((((((..(((((.............))))).....(((((((((((...((((........((((((((...................(((..(((((((((.((((((((......))))))))((.(((...((((.............(((((
((((.(((...((((..((((........))))...))))..........))).)).....)))))))...((((((.(((((...)))))................((((((...))))))((((((((((....(((.((.....)).)))..)))).))))))...(((((((...)))))))...)))))).....
....)))).))).))...)))))))))....)))..(((((((((((((((((.......(((((.(((...((((((((..............)))))))).................))).))))).......)))).......(((........)))............)))))))))))))...............
.....((((......))))...........))))))))........))))....)))))))))))(((((((((......((((((((...(((((.((((............................((......)).(((...........)))..(((..((((((((..(((........(((.....)))....
....)))..)))).))))..)))..................................)))))))))..)))))))).....((((((((...(((((((.(((.....))).))))..)))..))))))))....((((..(((((((((.((.................)).)))))))))))))..............
....)))))))))...........................((((((..((.((((.............)))).))))))))....((((......))))..........)))))))).))).))).......((((((........)))))))).)))))))).)))).))).)))).)).......))..))).....)
)))))))..)))).....))))))).........((((((.....)))))).))))...))).)))))))))))....(((((...(((....)))....))))).((((((((...................((.((((.....((((..((...(((((......)))))...))..)))).....)))).))(((((
..((((((........))))))....))))).....)))))))))))).)).)))))))))))).))))))....))))).))))))....)))).))))))))).....................((((...........((((((......)))))).....))))......(((((.....................
....)))))...)))))))).)).))...))))))))(((((.((..((.....((((......))))....))..)).))))).....

You can download the minimum free energy (MFE) structure in Vienna Format

II. Results for thermodynamic ensemble prediction

1. The free energy of the thermodynamic ensemble is [-926.48] kcal/mol.

2. The frequency of mfe structure in ensemble 7.47535e-69.

3. The ensemble diversity 1078.02.

4. You may look at the dot plot containing the base pair probabilities [below]

Download Dot plot JPG EPS

III. Graphical output

1. A note on base-pairing probabilities:--

The structure below is colored by base-pairing probabilities. For unpaired regions the color denotes the probability of being unpaired. The reliability information of RNA secondary structure plot in the form of color annotation, Positional entropy ranging from red (low entropy, well-defined) via green to blue and violet (high entropy, ill-defined).

Download RNA structure JPG EPS

2. Here you find a mountain plot representation of the MFE structure, the thermodynamic ensemble of RNA structures, and the centroid structure. Additionally we present the positional entropy for each position. The resulting plot shows three curves, two mountain plots derived from the MFE structure (red) and the pairing probabilities (black) and a positional entropy curve (green). Well-defined regions are identified by low entropy.

Download mountain plot JPG EPS