lncRNA Structure Prediction

I. Result for minimum free energy prediction

The optimal secondary structure in dot-bracket notation with a minimum free energy of (-1061.20) is given below.

1. Sequence-
CAUUUCAUAUAGUUAUGGCAGGUUAGACUUGCUUUGUAGCAUGACUGUUUUGAUUUAGCU
CUAACCCUAGUCUAUAGAGGGUUUAGGAGGUGGUUCUAGUGUGGUGUCGCUAAAUUUGCG
UCCUAUGGGCUAGUUCAGACUGUUUUCCUGUGAUAGUUUGAGUUUAAAAUGGUGUUUCUU
GAUUUUGUAUGUUUUCUGGUCAUGCUAUUAUUUUCCAGUAGUCUUUAACAGCUUGAAGCA
AGUUAUGAUCUAUACCUAUUUGUUAUGUGUUUUUCUGAUAGAAUCUGUGAUUAAAUGUUA
ACUGUUUUCUAUGUUCUUUCCUUUUAAACUGAUUUUCAUUUCAUACUUUCAAGCCCUAUA
GUUUUUAUACAAACCUUGUUUUCCUAAAAGUAAGGGCUGAAAGUACUAACGUUGCCUAUU
GAUGAGUAGGGUAAGAGGUCUAUCCUAUUGCUAUUUGAACCUCUCUCUUCAAGAUGAUUU
UGAAAUGAUCAUCUUGACACCCCAAAAUCAUAAAGUAAAACCCCCUCAGUCCGCCCCAUA
CUUUGAUUUUUAAAGUUGUCCCUAUGUGAUCCUUUAUCUGCUAAGUGACCUUCUCAGAGU
UAUUUUUCAGUUUCAAAGGUGUUUAAAAAGAAGUGAAGGGCUUAGUACUUAUUCACUUGA
UCCCUCAUUUACCUAAAAUGCAUAAGGACCUAUGUGAGUGCAAGGCAAAGAGAAGACUUG
UGAGAUGGAACUUGAAAAUUUUGAUGCUUGUUUUCCUAUCCUAGGAAUCUAUAUCUCGCA
AAGAUGCCUAAGGUGAGGUGUGUGGGUUGAUAUGGGCAACUCAUCUCUAAUGAGUCCAAG
GGUAUAAUUAUUUAAAGGGCUCUGGGACAUAGGACAUUUAAAUGUCCUCUCUACUGCUUU
UAAGUGAUUUUAAAAGUCAAAAUUCUCUUAUUUGGAGUAAUGACUCUAAAGGUUAUUUUU
ACUCUUUUUGAGUAUUUUAAUUGUUUUAUCCUUCCCGUAGUCCUUUUAUAUCAAACUAAG
UGUGAUUCGAUGGUUGGAUCGGAUGUCGGGUGAGAUUUGAUAUAAAAGUUUUGAGAGGUU
UGAGUUUUGGAGCUUUUUAGUUCAAAAUGAGGAUCGAUAGGGGUCAUUUAGAGUUCUGGA
CCUCUUAUCAGAAAUCUAUUAGUUUCAUUAACUUCGGAAUGUCGAGUUUGGUUUACAUUC
ACCUUCGUCUUAAUUUUAGACCUUCCGUGGUGAGUUUGAGCAUUUAGACAGGCUAAAGUU
GGGCUUAUAAGUGAAAUGGUUGACUUGGGUCAGCAUUCGAGCUUAGACUGCCCGGAUCAG
AAAUUCGAUGGUUCCUUUGGAUUCGGAAGGUGGAAUUUGAACUAGAUGAGGUCUUUUAUA
UUUUUCGUGAGUCCUGAGGGUAUUUUGAUUUUCUUGGUGAUUUUAGUUAAAAAUGGAUCC
UUAGCGGGUAUCGGGUCAAGGAGACCUCGUGUCAGUGUUUUGAUGGUUCCGUUGAGUCUG
AAUGUUGAAAAUAGUAUGUUAGCCAACUAAGAAUGCUGCUAAGUACCAUAGAUCUAGUAC
UUACUCUUGUUUUUCUGAACUUUUGUGCAGGUACUAAGUCUCAGACUUCAUGAUCUUUCG
CUCCUACUCAGUCCCGGGAUAUUCAAGUUUUUGAGGUAGCUGAUUGUCUCUUCAUCAGUU
UCACAGAUUCUUUAUCUUAGUAAUUGAGUCUUUACUUUCUAGAGACUUAUUGAGAUCAGU
AUCUUCCUUGUAUAAACGUUUACUUUAGUGGCCUGUGAUGGUGGCAACCAGUUCUUGGGU
UAUAUAGUUGGAUUAAUACCUUUAGUUUUAUUAUGAUAAUUAUUCUGGCUUAUUCCUCUU
AUUUACUGUUAUUACUUUCCGCUUUUAAAUUGUUUCCUUAAAUUAUUUAGACCGUGAGUU
AGGCUGACCUACCCGUUGGGAAGGUAAGUGCCAUCACGUCUGAUUUUCGGGACGUGGCAG
AGUUGCAUGUGGUUCUGGAUAAUGGACUCAAUGAUGUUGUAAUGUGUUCCUUCAUGUUAU
GUGAAUAGAUGAGUAGCCUAAUCUAAGUUAGUUUCAGGUUAAGUCUUGCUAAGUGUCAAC
UUGAAACUAAAACUGAAAGUUGAGUAGUUAAUGUGUUGUCUUCCAGGGCUUGUUAGACUA
UAUUUACUGAUUACAUGCUAUGUUAUGUGAUAUUAAAACCCUGAGAUGUCAUGCAUGCUU
UAAUAUGUGUUAAGUCUGCAGGUUAUUUGUUUACAUGUCUACAUUUCCUCACCAGGUUGU
UGCUUGCUCAUUUCAUUUAAGCUAACUAACUAAAUUGGUAAUUUCUUAUGUAUGAUCGUU
UGUAUGGCUUCUUUGCUUGACAUAAUGAUAUGCCUAAAUUGAAGCUAAAACUGGAUAGUA
CUAAAUUUGCAAUGAUGUGAUAUAGCCUAUCCUGUUUUCUGUGAUAUUCAUGUUGCUUGA
UUGUUUGUUCUUAGCAUGUUGUUAUUUUUAAAUUUUGUCUAUGCAUAUACCUGCUUUGUU
GGGCUAAUUAACUUCUCAAUAAAAUAUCAACUUGAUCAUGCAUAAUUUACCUGUUAUUUG
UUGAAUUGUUGAGUCUCAGUAAUAGUCCUAUGUUUGUCAUAGUAGACCUCUAUGUUGUGU
CUAGUAUAUGCCUUAUCCCUUGAGUAUUAUUGUAAUCUGCUCAGCAGACCCUUCCCAUUA
AACUGGUAGCAUGUCUACUUGUUUUCUCUUAUGAAACUAUAUAAUAAACCUGUCUAUUUU
CCUCUUAGCUGCCUAUGUAUGCAAGACUUGAUCAAAGUCUGAUAGCUAAGUUAGAGUUGG
UUUUAUCAGGUUCUAAUUCUGUUUAAAAAGGAAUAUAAGUAUAUGAUGUCUGCUAACAAG
UCCUACUUGUUGUUUGCUGACAUGCUUUGCCUAUGGCUGCCCUAGUUUGCCUUUGAAAUU
AUUUGACUACUGCUAUAUGUGAGAGUCAGCUUUAAAUCAUAUGUUAACUCUAUGUAUACG
UGUUUUAGUUUCAUGUUGCCUUAGACUAUUGCUUUGUAUCAUGAAGCAUGAUCCUUUCCC
UCAACCCCUGCAUGUUUGUUGCAUUUCUAAUAUCAACUUAGCUGCUACUGAUUUCUCUCC
UUCUGUUAUAUUAAGUUUCUUCCUUGCAAAUAUGUUGUCUGUUUUUUUUUUUUCCUUGUA
CUGAGCUCAUGUUGCUUUCUGUGAAUAUGCUACCUCCUCUUUUUCUCUUUUAUGUGUUGA
ACUUAUGUUGCCUUACUGCAUAUCUACUGACUGUUUCUUAUUCUCCCCUUGCACUGAGUU
CAUUUCUUUAUAUAUAAGAUGCUUGUCUCCUUCCUCUUCCGUUGUGCUAAAUUAGGUUAA
UAACAUAUCUUCUUCUUUCCUUUUCCCCUUAUAUGUUGAGUCCGUAUUGCAAUUAUGAAC
CUGCUUAUAAUUUUCCUACUGAGCUUAUAUUUCCUUUUGUGAACAUGCCAUCUACCUACU
UUCCCUUUAAUAUUGAGUUAAUGUUGAUCUCUAUAAACUGCUGUCUGACUUCCCUUCCCA
UAUAUACUGAGUUAUCCGUAAAAUAUGUUAGCUAUUUCCUCUAUGUUGAUCUCAUGUUUU
GUUUUACUUACACUUGUUUGCUUCUCUUCUCGGUGCUAAGUUCUGUAGAGCUUGCCCCAC
CCACUUCUCUUCUUCUACAUGUCAACCUAGCUUGAUCCUUGUAAAUCUUCUACAUGAUUA
UGUCUGUCUUCCCUUCUCCUAUUUCUAGACUGAAUUAUAAUAUGAUCCUCCUAUCUACUU
GUUGACUGUAUAAACUUAAGAUCAUUUUAAGUAGAUAAGCAUGUAAAUUAAGGUUAAACA
AUGAUUUAAACAACCUGUUUAUAUGCUAUACAUGUAUAUUGCUGUCCUACUUGCUUGAGA
CUGCGACUUUCUUAAGUCGAAGAGUCUCAUUCUUUUGACUUAAUUGCUCUAUAUGUCCCA
GUUGUUCCCUGCUAGUUAUAUUCCUAGAUAACUAAGGCUAAGUUGAAACUUAGUUAUUAU
AUUUCCUGUUCAGAUUAAAUAAGGUCAAGUGAGUCAGUUAUUUAACUAUUUGCUUUGGGC
CCGAUUGCAAUUUUACAAAUCAAUUGGCCCAUAGACUUUAUUUAAUACGGGCCUGUAUUU
GAUCUUCCUUAACCCAAUUCUCCUUUAUAAUUAGCUGAAUUUGCUUUUUCUAGGUCACCC
CUUGUUUUGUUUUGCCAUUUUUGCUAUAUGGUGCUUGGGGUAUGGCCUAAUAUAAGACUU
UAUUAAUUGAAUUUGGCUUUUUUAUUUAUUUAUAUUGUCUCUUAUUAUUGAUUCCUAAUU
UAUUUAUUUUUCUUUGCAUGUAUAACCCCGAGAUCCCCUGCAUUGGGUUAUGAACUGCGA
GCCUAUAUGGAGUAUUGGAGUUGGUCCAAAUAAAUUUUCCCCUUUUUUUCUUUACUUUAG
GUUUAUAUUUAUUGCUUUUUUUGUAUUUGAUAUAUUUGAAUGGAAUCUAAGAGUUGUAAA
UCUCUUGAAUUUUCAUUAAAUAAAGAUGAAUUUUUGACUUACGUAAAAAAAAAA

2. MFE structure-
.(((((((((((....((((((((((((((((((((((((((((((........(((((((.((((((.........))))))(((((.((((...(((((......)))))...)))).))))).)))))))(((((((((((.......)))))))))))..((((((...........))))))..........)))
))))))))..........................)))))))))...((...((((.((.....)).))))...))..((((((....((((.....))))......)))))).................(((........)))((((((((.(((((.((.((((...((((...))))......)))).))))))))))
)))))))))).)))))....((((((..((((.(((((((................)).)))))....(((((((((((.......)))))))))))......................)))).)))).)).((((..((((((..((((((((................(((((..(((..(((((((((....)).))
)))))..)))....)))))..))))))))))))))..))))..............((((.....((((..(((((..(((((...(((.((..((..(((((..(((((((((((....(((((((((.....((((((..........))))))))))).((((((((((((((((((..((....))...))))))))
))(((((((((((((((.((((((.....))))))...((((((((((((.....((((..((((((((((((((((....))))))........(((((((((....)))))))))((((..(((((((((((((((....))))))))(((((....(((((.....)))))...)))))..................
..(((((((((((((((...((..(((((((......)))))))..))....)).)))))))))))))...))))))))))).....((((((..((.(((.(((((.(((((((((((((((((...(((....))))))).)))))).(((((......)))))..((((((.((..((((.......(((((.((((
(((...((((.......)))).......))))))).))))).....))))..)).))))))(((..(((((((..(((((..((((((.((((((((((.((((.(((((.....((((((((.((((....(((((.((((((((((((((......((.((.....)).)).....))))))))..)))))).)))))
....)))).)))).)))).....)))))...((((((.(((((((.(((((.(((((.....))))).))))).))....))).)).)))))))))).))))))))))...((((((.((((....))))..))))))))))))))))).(((.((((((((((....((((....))))....)))..))))))).)))
((((((..((.((((....((....(((((((...((((.....((((....(((((((((((.((......)))))))((((((((.....((((((((((..((((((((((.....))))))))))..(((((.((((((((...((((((((.((..((((.(((((((......)))((((((.(((((..((((
(.((((((.(((((((.....))))))).))))))...........((((.((((.(((.((((((......................((((..(((....(((((((((((((.......(((..((((.(((...))).))))....)))..(((((((........)))))))(((....)))...))).)))))))
))))))..))))......((((((((......))))))))))))))))).))))))))...((....(((((((((((((....(((...)))....)))))))))))))....))..((((((.(((((((..(((......((((...((((((((...(((((.((((.((((((((....(((((((((..(((((
(((((((...(((((((......)))))))...)))).))))......))))..))))).))))......((((((((((((((((...........))))).))).))))....))))......(((.(((((.((((((((..(((......)))..))).)))))))))).)))......((.(((((.((((((..
(((...(((((....)))))..))).)))))).)))))..))((((.(((.......))).))))......)))))))).))))....)))))...))))).)))....))))........)))..))))))).))))))......(((((..(((...(((.........))).))).)))))..((((((((..((((
((((.(((((((.....)))))(((((...........)))))..................)).))))))))......))))))))))))).............((((((((((.(((..............((((((((((((((.....................(((((....))).)).((((((.....))))))
..((((((((((((((((((............))))))))......((((((.............(((((.((((((((((...))))))))...)).)))))((...(((...))).))..((((((((...((((((((...(((.((...(((((((.(((((.(((............))).)))))))))))).)
)))).))))))))....))...)))))).((((((((...))))))))...))))))...........((((.......))))...........))))))))))...................))))))))..))))))......((((.((((...((.((.................)).))...)))))))).....
))).))))))))))........................)))))...)))))).....(((..((....)).))).................))))))))..))...)))))))).)))))))).)))))...............(((..(((..((....((((((((......................))))))))..
.))..))))))(((((((......))))))).....)))))))...)))......))))))))..)))).)).....))))))))......)))))))....)).)))).........))..))))))...................(((((......((((((((((((((............)))))...))))))))
)....))))))))))))..))).........((((.(((((((....)))))))...))))..............((((.(((((......)))))...))))..........((((((..(((((...................)))))..)))))).....))))))).((((((((((.(((((...........))
.)))...))))))))))(((((((((((..(((((................)))))))))))))))).............((..........)).(((((((.((((((....))))))...)))))))...)))))))).))..)))))))))))))))).....))))..)))))))).)))).((((((((((....
........)))))))))).......((((....(((((((((((((((((((((.((((....))))))))))))((((((.(((((.............)))))))))))..))))))))))))))))))))))))))...........))))))((((..((........))..))))..........((((((((((
(..((........(((((.........)))))))..)))))..))))))(((..((((..(((.((.(((((...........))))).)))))..))))..)))....))))))))..))))...))))))))))).))))).))....)).)))..)))))))))).))))....)))).))))))))))).(((((.
....)))))..............((((((.(((((..((((((...(((((((...................(((((((.(((((..((((((........))))))...))))))))))))..)))))))....)))))).))))).))))))

You can download the minimum free energy (MFE) structure in Vienna Format

II. Results for thermodynamic ensemble prediction

1. The free energy of the thermodynamic ensemble is [-1145.81] kcal/mol.

2. The frequency of mfe structure in ensemble 2.38786e-60.

3. The ensemble diversity 1167.55.

4. You may look at the dot plot containing the base pair probabilities [below]

Download Dot plot JPG EPS

III. Graphical output

1. A note on base-pairing probabilities:--

The structure below is colored by base-pairing probabilities. For unpaired regions the color denotes the probability of being unpaired. The reliability information of RNA secondary structure plot in the form of color annotation, Positional entropy ranging from red (low entropy, well-defined) via green to blue and violet (high entropy, ill-defined).

Download RNA structure JPG EPS

2. Here you find a mountain plot representation of the MFE structure, the thermodynamic ensemble of RNA structures, and the centroid structure. Additionally we present the positional entropy for each position. The resulting plot shows three curves, two mountain plots derived from the MFE structure (red) and the pairing probabilities (black) and a positional entropy curve (green). Well-defined regions are identified by low entropy.

Download mountain plot JPG EPS