lncRNA Structure Prediction

I. Result for minimum free energy prediction

The optimal secondary structure in dot-bracket notation with a minimum free energy of (-674.00) is given below.

1. Sequence-
UAUACAUGCUGGUGUAGGCUGCUUUAUAUGAUUAUUAUUUGUUAUUAGUUAAAUAUUAUU
GAAUUUCUUGUUAUUUUAUCUUGAUCUGAACUAGUUUUUACAUGUUGUGAUCUAUUUAUU
AUUAACUAUUCUAUUUAGAUACUAAGUCUUAAUGGGUCUAAUCCCCCUUGACCCUGGUUU
UUGGGGGAUCCAAGGGGUGGCCGUUGGAUUUAAUUCUAUUCUCUGAUAUGUUUGAAUAGA
AUUUAUCCUUGGUCGUUUUGGUCAUGUGUUGCUGUAUGCAUGCUUCAAGAAAGUUGUAAU
CCUUCCAGUAUGUCCUUUGAUGAAUUUUUUAUUAUGAAUACUAGUUCUUGUGUCUUUACU
GGUUUUAUCAUAUUUUUUGAUGAGUAAGUCUGUCUAAGAACCUCUUAUACACUUGUUGAU
AUUGGUUAUUUUAAUUUACUUUCUUGAUGUUGAUGAUUCUAGUUGAAUUUUUAUGCUCAU
GUUACGUCUAUCUAAUGUGCUUAUUAUCAGCAGUCUGUGAUGUUAUUUAAGGCAUUCAGG
GUAUCUCUUUUGAUCUUUGUAUGGAUUAUGGGAUUUAAAGGUUAGUUGUAUGUGUCUUUU
GUGUUAAAAUAGUAUUUACAUUCUGUUAAAAUAGUAUUUACAUUCAUACUUUUGGCCUCA
GGUUCUUUUUAUAAUCUGGUUUUUCAAAAAUAAAGGGGUCUAAAGGUACAAUCAGGUUGC
CUAUGAAUGAGUAGGGUAAGGGUUGCCAUCAUACAACCAUGUGAUCCCUUCUUUCAAAGU
GAUUUUCAUAUAGUCAUUUUGACACCCCAAAGUCAUAACGGAAUGAUCCCGCAACCCACC
UCACACACUGUUUUUUUAACUUAACCUUAUGUGAGCUUUGUUUGCUAAGUGAUCCCUCUA
GCGUCUUGAUUUAGUUUCAAAAUAACUUUGAGGUUAAAGUUUUGGCCUUUUUAUGUUGUU
CCUCCUUUGCCUAUACUGCACAAGGACCUUAGUGAGGGAAAGGAAACAGGGUUGAAUUAU
GAGGUCAAUUAUGAGAAUCUAUUACUUGUUUCAUCAAUCCCAGUGUAUUAUGCCUUGUAA
GAGUACCUAAGGUAAGGAGUGUGAGUUGGUAUGGGGUCAAAUUUAACUCCAAUGAAUCUA
AAGGUUUAAAUUUGUAGGGGUUGAGUAAUAGAACAUCUAAAUGUCCUUUCCGUUGUGCUU
UAACUGUAUCCAAAGGUCAGGUCCUAUAUGCUAAGUCAUGAUUCUAUUUUCUAUGUUUUA
ACGUGUGUAAAUUGUCUUGAGUAGUAGUAUAGCAAUAUGAAAUUAUUUCUUAUCUCUUAU
ACUUGGAUUUUUCAUAUGAAUUUUUAUUUGGACCUUAACUAAAAUAAGAUUUCUAACUUA
UUUUUUUAUUAAUAUAUGCUAUGAGGAUUUGAAUGUUUCGGUAUGUGUUGAGGUGUAUAU
ACAAUCUGAUUACUUACCUGUUCUAGCCCAUCAGUCUAUUGUAUGUCCAUUUAGCUAAGC
AGUUGAGUAAAAAUAAGUGAUCUUUCAUGUAAAUGUGGAUUUUUUAUCUAGUGUGAUAAU
CUAUUUGUUUAUAACUUGAAGUUUAAGACUAAAUGAGGCUAGGUCUGACGUAAUUGAAAU
CUAUUCAAAUGAUCUUCACUAUCUAAUUCGCUGCUUAUUGGUAAGUAGAGUUGACUGAUA
UUUAUUGUUUUUCAUUUUUACUGUGAGCAUGCUAAACUUUCCUAUCAUGAUCACUUGUGU
AUCACAUAUGCCUAUCAUGAUUGUUUUCCUAGAAUGUGAUCCCUUUCCCUCAAUCCUUGC
UUUUUAUUAGCUGAACUGACACGUGUUUCUGUUAUUCUUUCAUAAUUAAGCUUAUAUUGU
UUUCCUAAAAGCAUGUUAUCAUCUUCUCCCUUUCCUUUUAAACUGAUAUCAUAUUAUCUA
UGAAAGCCUGUUAUUUUGUUUCUUUCUCUCUUGUGCACUGAGUGUAUACACCUACCUUUU
GCAUGUUGUCUCUUCUUCUUUUAAGCUUAUUCCAAACCUGUUAUUUGUUUUUCCUUCUCC
CCUUUGUGUUGAGUUCAUACUUCUCAUAUGAGUAUGUUGUUUGCCUCUUGCUAUGUAUCC
UUUCUUCUUCCCCUUUGUGUUGAGCUUAGGGAAUCAAUAGUACUUCUGUCUAGUUCUUUU
UUUCUCUUAUGUGCUAAGUGAAUGUUACAUCACAUGAACCUGCUAUCAUCUUCUUCUUCU
CUUGAUGUACUAAGCUUAGGUUACUUUUCUAUAAUUGUGCUGCCAUCUUUCCUACCCUCC
UUUUACAUUAAGUUCAUUUAUGAGACUGACUAUCUUCCCUAUUCUAUAUGUUAAUUAUGU
CACUCUAUGUGCAUAGAUUAUAUGUCUAUCUUUUCCUCCCUUGCCUUAGACGAAAAUAUG
ACAUGACCCUCUUAUCUACUUGCUAUUUUAGUAGAUUUAGUAUCAUUUAAGCUAGAUGAG
UAUGCUAACUUAAGGUUAUAUUAUAGUCUAAAUAAUCUAUUUUAUAUAUUUUACAUGCAU
AUUGAUUGCCUACUUGGCUGGGAUUGUUGCUUUAUAAGCCAAACAAUCUCUUUUGCUUUG
GAUUAAUUGUUCAUAAUGUCCUAUUUGUCUUUUUCAUUCAUAUCCCUCAAAUAGAUUGUU
AUUUGACUAAUCUCUAGGUUAUACGAAGACUAGGUGCUUGUAUUUGUUUUGUUUUAUUUU
UUCAUAAUAUCUUUUAGUGUACAAUGUGUAUAUCACGUAGACACUCAAGGCUAAAAAAAU
AAAUUAACUACUAAUUUUUAUUUUCAUAUUUUAAAGUCGAUAAUAUUUUACUUAUUUGGA
UAAUUGUAUCAAGUUGCUGAACUUAGUCCAUACUAUGUGGAUCAUAUGGACAAAGAGGUU
CCAUUUGGAUUCAUCUAAUUGAUCCUGCCCUUGGUUUUGUUCAGCCUAAUAGCUGACUGG
AUUCAUUUCUAUUGGACCAUGUUUAUUUCAUACGUGUAUUUGGAUUUUUACCAAUAUAAA
AUGUUGUUUUUUUCUUAUUUAUUCAUCUUAUUUAUCUACUUGUAAUAUAUACGAUUAUCG
AUUCCUAAUUUGUUAUUCCUUCUUUGCAUGGGUAACCCCGGGCUUCCUUACAUGGACUAU
GGCCCAUACCAGAGCAUUAGACCUUUGAAAUCUUCCUCCUUUUCUCUCCUUUUUUUUU

2. MFE structure-
........(((((((.((((.....((((((..((.....((((.(((((((.......(((((.....((((.........((((..(((..((....))..)))..))))..........))))......)))))(((((((((((.....(((((.....(((((((.((((........))))...))))))).((
(((..((((..((((((((((............)))))))))).)))).))))).....((.(((((((......)))))))))((((((((((..(((.....(((((((......(((((((...))))))).....((((((............))))))(((((((.......)))))))(((((..((.(((((.
..))))).)))))))...))))))).....)))....)))))))))).......(((((.....)))))...(((.(((((((.((((((..(((((....)))))..((((((((((((((((((((((((((..(((.(((.(((...(((.....((((((((............(((((((..(((((........
((((..(((((.((((((((...)))..))))).))))))))).)))))..)))))))((((((........)))))).....((((..(((((((((....((((.((((.((((((......((((((((.(((((((((.....((((((......)))))))))))...(((((((((((.......)))))))))
)).)))).((((.((((((((((((((((((....(((.(((((((.((((((((.(((.((.((((((((..((((((((((.((......((((((.......((((.......))))((((((...((((((((....)))))))).....))))))..((((((((.......))).))))).......)))))).
)).))))))))))....)))))))).))))).)))))).......(((......))).............(((((((((....)))..))))))))..))))))).)))..)))))))).((((((((((.((((((.(((....))).)))))).))))))))))...((.((((....)))).)))))))))))))))
)(((((((...((((((.((((((..(((((((..(((.(((...((((..(((((....)))))...)))).))).)))....)))))))...((((((((....(((...............)))..))))))))............)))))).....((((((((........)))))))).....(((((((((((
..(((.((....)).))).)))))))))))((((((((((((.......(((((((.(((((.((((.((((((....))).)))........))))))))).)))))))..(((((.(((((..(((....))).))))).))))).(((((((((((.....)))))..........(((((.((.((((..(((((.
(((..(((.....(((((.....))))).......((((..((((....(((((((((.....(((((((.(((..((((.....))))..))).)))))))))))))).))...........((((((((((..((((...))))..))...))))))))........))))..))))..........)))..))).))
)))...)))))))))))((((........))))...((((((((..(((((((...............))))(((.(((((......................))))).))).)))..))))))))............................)))))).)))))))))))))))))))))).))).............
....))))))))..))))))....))))....))))..))))))))).))))))))))))...)))...)))))).)))..)))))........................((((..((.....))..))))......((((((...........................))))))..))))))..)))))))).))..)
)))).(((((((........(((((((((...((..((((..............................))))..)).....))))))))).........)))).)))................((((((...(((((.(((.....))))))))...)))))).....................))))))..))))))
)))))))))...........(((((...))))))))))))))))..........(((.(((((((.....((((((((((..((((..........))))..)))).))))))...))))))).)))(((.....))).(((((((((((((...))))..)))))))))....((((.((((((...(((.((((((..
(((((((....................)))))))..))))))..)))))))))..)))).((((((..((...))..)))))).........((((((((((.....((.((((.(((((...(((((.....)))))..))))).)))).))))))))))))))))))).))))....))..)))))).....))))((
(((((..(((...(((..((((((((((((((((.(((((((..((.(((........((((((..((((....(((..(((....)))))).))))..))))))......)))))..)))))))(((((((.(((......)))...)))))))..(((((.........)))))...((((.......))))......
.....................................)))))......))))))))))))))...)))..)))))))............(((....)))((((((((......)))....))))))))))))..............((((..........))))..............

You can download the minimum free energy (MFE) structure in Vienna Format

II. Results for thermodynamic ensemble prediction

1. The free energy of the thermodynamic ensemble is [-732.29] kcal/mol.

2. The frequency of mfe structure in ensemble 8.38783e-42.

3. The ensemble diversity 792.55.

4. You may look at the dot plot containing the base pair probabilities [below]

Download Dot plot JPG EPS

III. Graphical output

1. A note on base-pairing probabilities:--

The structure below is colored by base-pairing probabilities. For unpaired regions the color denotes the probability of being unpaired. The reliability information of RNA secondary structure plot in the form of color annotation, Positional entropy ranging from red (low entropy, well-defined) via green to blue and violet (high entropy, ill-defined).

Download RNA structure JPG EPS

2. Here you find a mountain plot representation of the MFE structure, the thermodynamic ensemble of RNA structures, and the centroid structure. Additionally we present the positional entropy for each position. The resulting plot shows three curves, two mountain plots derived from the MFE structure (red) and the pairing probabilities (black) and a positional entropy curve (green). Well-defined regions are identified by low entropy.

Download mountain plot JPG EPS