lncRNA Structure Prediction

I. Result for minimum free energy prediction

The optimal secondary structure in dot-bracket notation with a minimum free energy of (-1048.70) is given below.

1. Sequence-
GGUAGUAUAAAUACUCCAAACCCCAAUUUUAUUCUCCUUCUUUUUCAUACCUAAACCCCA
UUGUUGACAUUUUAAGCUCUUGGGUCUUUAUUGUUGAGCUUGGAAAACAUCAAGAAACAU
CUCCAAUCAUAUUUUCUUCAAUUAAAUUGUAAGUUUCUGCGUUUAAUUUCUCUAAAGUUU
GUCCACAAAUUUCCAGUUUCUUUAAAUUUAUUUCUGCACUUUAUUUCACUCUUUCAAGCU
UAUUUCUUGCUUAUUUUAGCUUAUAAUUCUAGGUAUGAAUUCCCUGUGAUGUGGGAAAUA
UUUUAAUAUCCUUUGUUCAAAAUUUUGGGUUCCCGAGCCCAUAGGCCUGUUUUGACCCAU
AUUUUGACCCCAACUAUUUUCAUAUAUUUAUGGGUAUCGUUGGACUCGUAUUAAUGUUUA
GAUUUUUUGUUCUAGUUUUACAAUUGUUUGAGCUUGUUUGCACAUUUUUGGGAGUUUUGG
AGCAGUCCAGGCAUUUUCUCACAGUAUUUGCGAGCUUGUUUUUGGAGGUCAGGUAGGUUA
CGCAUUACGAUCUUAGACUUGACUUAGAUGAGAAAUAAUAGUGCUAUUUAGCAUCCUUGG
GUUGUGAUUUCUAGAUUGGUAUUCGCUUCUUUAGUUCGGUUACUGAUUACGUAUUGAUGU
UGUAUUUGAUCAUAGAAUAGCCUAUGGCCCUAAGUGGUUUGCACUGUCUCUGGAACAUAG
AUGGUGAGAUUAUUGGGAAUGUACGUGAGUCCUGGACAUCGAUUUGGCUGGUUAUGCUUG
CUGUAGUGAUUCCAAGCUUGUGUAGGGCCGGCAGGAUAUUUUGUGAUCCUUGAUUGUGAU
UGUGCUCAUAUCAUUCAUGGAUGUCAUCAUCAUGUUACUAGAUUUUAUGCAUUAGUUUUU
CACUAUUUAUGGCCAUGAGCCCAAGUAUUGAUGAUUUUGAAAGCUUGCAUGGCCUUGUUG
AGCCCGUUUUCAGAUAUGGUUUGGCCUUAAUGGGCCCUUUUUUACAUUGAUGACUUGCUC
UACUUUGAUAAAUUUGAUAAUUAAAGAUGAGCACAAAUAUUUUGAGACGAUCUUAGAGAU
UUUUAUAUUAUCGACUAUUUCUGACAUUAAACUGAUUUUAACUAGACUAUUUACUAAAAA
GGGUGGUUUCUAGCUUCCUUAGUUAUUCUAAGACUCGAUUAUCAAUUUGGCACCCGAUAC
CUUUAUUUUCUACUCUUUUAGUCCAGGCCUUAUUACUUGGCGCUAUGUACAUGAACUCGC
UAAUACUUAUAGCUUCGACACGUUCUUAAACGUUGAGUACUAUCCAUUACCUGAUUUUAG
UCCUGGUGAAGCCCGAGCUCGGAUUUUGAGUUUUUAAUUGGUUUUAGACUCAGUGCAAGC
CGAGCACAUGCAUUUAUGAGCCAUUGUAUUACUACAGACUUGGGGACUCCCAUGCAUACG
UCGAGAUUGAGAUUGUAUUACUCCGGACUUGGGGACUUCCAUAGAUCUGUCAAAAUUGAG
AUUGUAUUACUCCGGACUUGAGGACUCCCAUGCAUCCCUCGAGAUUGAGAUUGUAUCACU
AAGAUAUGGGGCUCCCAUGCAUCCAUCGAGAUUGAGAUUGUAUUACUACGGACUUAGGGA
CUCCCAUGCAUUCGUCGAGAUUGAGAUUUUUAUAACUCCAACUUGGGGGACUCCAAUGCA
UCCAUCGAUAUUGAGAUUUGUAUUACUACAGACUUGUUGGACUUCCAUGCAUCCGUUGAG
AUUGAGAAUGUAUUACUCCAGACUUAAGGAAUCCGAUACAUCCUUUGAGAUUGAAAUGAU
AUUGAUUCAAAUUUGGUAAAGGCCGAUAUUCAUGCAGACUCAAUCAUAUUUCACUUGUAU
CAGCAAUUUUUACAUUCAUGUCUGUGUUACUUUCCUCACUUGUUUUUUUAUUUGUACCUU
CUGGUUUUAUGGGCGGAAAGCAUAUAAGCCUUACUUAUUUGUACCUUCUGGUAGGAUGGG
GUGCCAGCGGGUUUAUAUCUCAUUAUUUGAUUCUUUAUGUGUAUUGAGUAGUUGUACUUU
AAUUCUCUAUAUCGUGACCAUGAUUGGUAGUUAUGCAUGUUUUCAUUUGAAUAUGCCUUC
UUCCUUUGCCUAUUAUUGAGGUUACCAGUAUACCGCCCUUGCUCAUUGCUUUUACUUGGU
UUACUUGUGGAAAGGAAUCAGGUAUGUCUUCAUAUCUUUAGCUGAGUUCUUCUAUCUCUA
UUGUUAGCUGGCUAUAUUACCUUCACCUUGUUAUCUCCAUGUUACAUGUAGCUAGCCUUA
CAUGCUAUAUUGCACCCUUGAUUUUUGUGACUUGAAUCUUUCAUUAUCUGCUAUUCAUUG
CUUUUAUUUUUAUAUGAGCCUAGUCGGUCCUAUCAUGAUGGGUAUCUGUUGUUUUUGGUA
UUCAUACCAGACUUCUGCAUCUUUUUAGUGCAGACCCGAGUGCAAAUGUUCGACGUUGAU
UCUUGAUUGUGAUGAUUAUCCUUAUCUAAGGUAGAUGAUGGCUUCUGACAUCCAGAGCUA
CAUUUACAUCUCUCUAUCGUUCAUUUCUAUCAUUUGUAAUAUUGUAGAUAGAUAUUACAU
UUUCACCUCAAACUUGUAUUUAUUUUCUUAGAGGCUUAUGCAUUAGCUUACUAGGUUUUG
GGGAUUUAAUGUACAAAAUUUCUGCGUCUUUUUCCUUAUUUAUGCUAUUAUCUUUCGCUU
UUACUUAUUAUUCUAGCUUUCUGUAUUUGUUAGGGGGUCUCCUACGGUGGGAUGUAGGUG
CCCUCAUGACCUGAGAAAUCAGGUCAUUACACUUUCCCUAAUUGAACUGUGGCGUUGAGG
UUUGAACCAAAUUGAGUUUUGUUAGUAAAACUAGUCUAGUUUUACAUCUGCAGUUGGAUC
ACCUUUUGCUUUAUGUCUAAAAGUAUAAAUUCAGAGUCUUUAAAAUUACAAUAGAGUUUU
CUGGUUCGCAUUGUUGCAUCCUGUCAGUCCUUGUGCAUCUGGUUACAUAAGUUACUUUAG
UAAAGGAUGAGUGUUUAUAGUCUAUUUCUUUCUCUCUCUGUUCUUUAUUGGUUUAAUAAU
GCAAUGUGGUUGAAGCUUAAUCGUGUGAGCUUCAAAUGGAAGAAGAGUUGCUUAAGGUUU
AAAUCAGCAUGUGGUAAUGACUUAUAAGGUUAAGGAAUGGAUGGACUCCUUGUCCUUGUG
UCUAAAGUUGGAAGCUAUGAGGUUUUAUUGGAAGCCAUGCCUUGCCUUUUUCUCAUUUGA
CGAGUCUUAUGAUAUACAGAGGGUAAAAGAGACUAUUCGCUUGUUUAGCUUGUGUACUAU
UAGAUUUUCUUAACUACUUGUCUUAAAGAGGAUUAUUUUAUGUAACUGGGGAUAUUUUCU
UGAUUUUCCUGACGCGAUACCCUACAAACACAACACUAUUUUGAACAAAAGGAGAUGGUC
CUAACUAGUGAUUGUUUUAAGUUAUUUUGACAAUGUUAUUAAGUCCUUGGUUAUGAGUAC
CCAUAUGGACUUACGUGUAGGGGGACUUAACUAAGAUAAGUAAGUGCUAUUCCCAUUAAA
AUCAGUGAAAAUACCUAAGAUAUGGCGUGCCUAGAUAGCGAUUGCUUUGCUCGACACUCG
GUUGACUGCAUCGACAUGCUGCUCAUUCAUAUUAUUUUGUGUAUUUUGUUAUUUAACUGU
CACUUUGAGUUAGACACCAAAGUUAGCCUAUGUAUGUUGCUUUUUUCUUUAGAAAAGAAU
AUUCUUGCUAUUUGAACUCAGGAAGCUCAUGGUCUAAGGUUGUUAAAACAACCUACAAAA
CAUAUGUUUUGAAACAUGAGCAGUGUUCGAGUUAGGGUCUUUAAGAUGGCUUUAUUGCGG
UUUGCUUGAGCUUUGUUAAUUUAACUAGUUGACCCCUAUGCUUUAUUUCAAAAAAUUGUA
UUUUCUUUGUUAAUUAGCACUACACUUUUCCUUGAGCUUUGUUUGGUUACUGUCUAUACG
CAUUUCUUUGUGCCCAUAUUGGAAUUGCUUUUAUAGUUACUAAUCCUCUUUAUAUAUUUU
AUUUUUAUGAACUCUUCCCAUCCGAGUUCAAAUGGAAUCUUUGAUUUGCACUAUAUUGAG
UAAAUCCCACAAGCAAGUUCAAUAAGAAAAACAAGAAAUGGCCUAAGAGCCAUACGUGAA
AAGCAAUGAAAAGGAAGGCCAUGAAGCGGAAGUCAAAACAGGCUUAACCCGAAAAUCUGU
AAGUCCAAUGUGGACAAGUUAUAGGGUUCUGGGCCUAAGUGCCUCAGCCCAACUUCUUAU
CUCUCUUUAUGUGGUUGUUUUGUAAUAUUAUUAUGUAAAAAUUCAUUAUUUUUAAACUUA
GACGAAUUCUCG

2. MFE structure-
((((((((...(((....((((.............(((((((((((((.............((((..(((.....((((((((((((((.(((((...((((((((..(((((((((.(((((((..((((...(((((((((((((.(((......)))))))))))......(((((((....)))))))..((((..
...(((((((....(((((................((((.........)))).((((((...(((..(((((...((((.((....((((((.(((((((...((((((.......(((((((..((((((..((.(((....))).))....)))))).)))))))..(((((.((.((((((....)))))).)).))
)))((((.((..(((((.(((((.....((((.................))))..))))).)))))..)).))))((((((....)))))).....(((((.((((((((...((((((((((((((((((.(((((((..((((((...(((((..((......)).))))).....)))))).......(((((((((
(((((((((.(((((..(((....)))..)))))...))))))((((((.((((.......)))).))))))..........(((((((.((((((((.((((.....((((((((((.((((((((.(((.....(((((...((((((.....((((((.....(((((((((((..(((............)))..)
))))..))))))(((((........)))))))).)))......))))))..)))))...))).))))))))))))).))))).....))))..........)))))))).)))))))))))))))....))))........))))))).)))))))((.((((..(((.((((.........(((((....)))))....
......)))).)))..)))).))..................))))))))))).)))))))).))))).(((((...)))))...)))))).....))))))).))))))....)).)))).))))).)))...)))))).(((((((((((....(((((.((((((.(((((((((....((((..((((..((((((.
.......(((........(((((((((........))))).)))).......)))......((..(((((((((((((((((.......(((..((((.(((((((((.(((((((((((((((.(((((((....((((((...((((((((..((....))..))))))))......))))))....)).))))).))
.............(((((((..((((.((((...((...(((..((.(((.......))).))..))).)))))).))))..)).)))))...(((.(((((......((((.(((..(((((((...(((((((..(((((..((((((.(((...........((((((.(((((((((((((.......)).)).))
))).............)))).))))))))).)).))))..)))))..........(((((...)))))(((((((((.(((.((.((((((.((((...((((.((((((((((((((((....((...(((((....((((...(((((((....(((........)))....((((((.....(((((((((..(((.
.(((........(((((....)))))........)))..))).))).))))))..)))))).........)))))))..))))......((((((...(((((............(((....)))...))))).))))))((.(((((.....))))).))((((....))))))))).))..))))))))))).....(
((.(((.(((....)))...))).)))))))).))))......)))).))))))))...)))))))).)))))))))))..(((....))).((((((..(((((((((((.......))))(((.((((.((((.....((.....)).......)))).)))).))).)))))))..)))))))))))))..)))...
...))))......))))).)))....(((((((((((............................))))))))))).(((((((((..(((....((((((.....(((((((...(((((((((....((((..((((((..((((.......((((((..(((((......(((..(((((..........(((((((
....)))))))...(((((.((....)))))))))))).))).......)))))..........((((((((...((((((((..((((((((((((.(((((.(((.....)))))))))))).(((...(((.((.(((((...........(((((((((.......))))))))).....(((((((..(((((((
((..(((((((((.((...((....)).....)).)))))))))..))).)))))).......(((.............................)))..............(((((...........)))))(((((..((((((......)))))).))))).(((((((((....)))))))))..(((.(((....
...)))..)))...))))))).)))))...)).)))...)))..(((((((((...)))))))))....((((..((....))..))))((((((((((...((((((..((((((.(((((.........)))))..))))))...(((....))).............))))))...)))..))))))).))))))))
..))))))))....))))))))...........................)))))))))).))))))))))(((((((((......)))))))))))))))))).)))))))))))))....))).)))))))))....))))...)))))).))))))))))))))))..)))...))))))........))))))))))
)..))))))))..))))...................))))))))))))).)))).)).)))))....)))))))))))(((.....)))..)))))....)))))))....))))............)))))......))))....)))))))..))))))))))))))..........(((((((.......(((((.(
(........((((.....)))))).)))))((((((..((....))..)))))).....(((((((..(((.......))).....)))))))..)))))))............((.((((.(((((((.....(((((...(((.((((((((...(((((.((((((.......(((((.....))))).....((((
((.(((((((((((.(((((((((((.((((......)))).((((((...(((((((.........)))))))...))))))(((.(((((.(((((.(((((((....))))))))))))....(((.((((....)))).))).))))).)))(((((((....))))))).((((((....))))))....)))))
))))))))))..(((((((........))))))).))))))).)).))))....(((((((.....)))))))...)))))).))))).........)))))))).)))))))))))))))..)))).)).((((((((.(((((..............((((......)))).......(((.((((((.((((((...
.((((..........((((((((....(((((((.........)))))))))))))))....))))...))))))..)))))).)))..))))))))))))).)))...))))).))).))))))))))).....)))...))))))))))))))))).(((((((((((((((......)))))...))).........
..(((((...)))))(((((...(((((..((((......)))).)))))))))).........))))))).)))).....)))))))))))...(((((((.....)))))))........(((....)))

You can download the minimum free energy (MFE) structure in Vienna Format

II. Results for thermodynamic ensemble prediction

1. The free energy of the thermodynamic ensemble is [-1126.64] kcal/mol.

2. The frequency of mfe structure in ensemble 1.19709e-55.

3. The ensemble diversity 1223.89.

4. You may look at the dot plot containing the base pair probabilities [below]

Download Dot plot JPG EPS

III. Graphical output

1. A note on base-pairing probabilities:--

The structure below is colored by base-pairing probabilities. For unpaired regions the color denotes the probability of being unpaired. The reliability information of RNA secondary structure plot in the form of color annotation, Positional entropy ranging from red (low entropy, well-defined) via green to blue and violet (high entropy, ill-defined).

Download RNA structure JPG EPS

2. Here you find a mountain plot representation of the MFE structure, the thermodynamic ensemble of RNA structures, and the centroid structure. Additionally we present the positional entropy for each position. The resulting plot shows three curves, two mountain plots derived from the MFE structure (red) and the pairing probabilities (black) and a positional entropy curve (green). Well-defined regions are identified by low entropy.

Download mountain plot JPG EPS